Hа Главную
Седьмой семестр
Kodomo Home

Электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным

1. Дана структура, а так же электронная плотность белка с id 1P0K (PDB, OMAP)
   Рассмотрена электронная плотность 10 остатков (50-60) данной структуры:
   

   Уровень подрезки 1	Уровень подрезки 2	Уровень подрезки 3

   
   Зеленым отмечен аминокислотный остов, циановым электронная плотность.


2. Для дальнейшей работы вабрано два аминокислотных остатка из цепи А
   

   Уровень подрезки 1 для Leu52	Уровень подрезки 1 для Phe59
   Уровень подрезки 2 для Leu52	Уровень подрезки 2 для Phe59
   Уровень подрезки 3 для Leu52	Уровень подрезки 3 для Phe59

   
   Зеленым отмечен аминокислотный остов, циановым электронная плотность.
   
   В качестве вывода можно отметить, что чем больше уровень подрезки, тем меньше объем электронной плотности. Так же аминокислотные остатки, находящиеся внутри структуры и имеющие дополнительные электроотрицательные атомы, меньше подвержены возможности плохо вписаться в электронную плотность. Такие атомы как O и N даже при высоких уровнях подрезки имеют ЭП, углероды же, часто становятся неразличимы.