Hа Главную
Седьмой семестр
Kodomo Home

Гомологи, разрешение и качество структуры

1. Взят белок SODM_BACSU, статья "Structure of Bacillus subtilis superoxide dismutase" (статья о моем белке трудно находима)


2. 10 гомологов, показанных в таблице показывают высокое сродство к супероксид дисмутазе Bacillus subtilis, даже самая плохая находка имела Evalue порядка 10^-16


3. Краткое описание белка.
   
   
   • Результатом статьи являются данные о расшифровке структуры супероксид дисмутазы бактерии Bacillus subtilis. Белок экспрессировали в E.coli, очищали стандартной методикой. Данный фермент в таком модельном организме изучается, вероятно, биоэнергетиками, для получения данных об утилизации АФК в бактериях. Сама структура в процессе расшифровки активно сопоставлялась с таким же ферментом организма B.anthracis и человеческим ферментом.
   • Разрешение 1,80A
   • Фазовая проблема решена методом молекулярного замещения с использованием пакета CNS (Brunger et al., 1998)
   • 218733 структурных фаторов измерено и столько же имеют силу сигнала больше 3.0
   • R-factor: 0.211, R-free: 0.230
   • Статья: "Structure of Bacillus subtilis superoxide dismutase" Acta Cryst. (2007). F63, 1003-1007 Liu et al. PDB: 2RCV
   • Выравнивание показало небольшие отличия. В двух субъединицах: B и H отсутствует на 43 позиции три остатка, которые есть во всех других последовательностях, субъединица D потеряла три остатка на 47 позиции. Такие гэпы привели лишь к смещению остальной последовательности. На последней позиции отличаются остатки взятые из Uniprot и pdb. Fasta