Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1. Получение А-, B-, Z-форм ДНК

С помощью следующих команд были сгенерированы структуры ДНК в заданных формах. Ссылка для скачивания -- слева от команды:

fiber -seq=GATC -rep=5 -a gatc-a.pdb | gatc-a.pdb

fiber -seq=GATC -rep=5 -b gatc-b.pdb | gatc-b.pdb

fiber -seq=GC -rep=10 -z gatc-z.pdb | gatc-z.pdb

Задание 2. Сравнение B-формы, построенной 3DNA и экспериментальной структуры

Предложенная экспериментальная структура для B-формы: 1bna. Основание, которое необходимо изобразить - тимин (у меня [DT]7:A). В выбранной структуре ДНК направлены в сторону:

Малой бороздки: [DT]7:A.N1, [DT]7:A.C2, [DT]7:A.O2
Большой бороздки: [DT]7:A.N3, [DT]7:A.C4, [DT]7:A.O4, [DT]7:A.C5, [DT]7:A.C7, [DT]7:A.C6

sorry :c — **Рис. 1** Структурная формула тимина. Красным цветом обозначены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим -- в сторону малой

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.50
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	7.98 ([DA]10:A.P-[DG]33:B.P)	17.21 ([DG]9:A.P-[DG]29:B.P)	9.87 ([DG]13:A.P-[DC]32:B.P)
Ширина малой бороздки (Å)	16.81 ([DA]10:A.P-[DG]2:B.P)	11.69 ([DA]14:A.P- [DT]31:B.P)	11.58 ([DG]11:A.P-[DG]35:B.P)

Табл. 1 Основные параметры трех форм ДНК

Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA

Мне была предложена структура с PDB ID 1gts, с которой я буду работать далее.

Координаты стеблей в заданной тРНК: 2-7..71-66 | 49-53..65-61 | 39-43..31-27 | 10-12..25-23
Неканонические пары: В данной структуре их 8(7): 54U-58A, 55U-18G, 37A-33U, 38U-32U, 44C-26A, 13A-45A, 14A-8U, 15G-48C
Дополнительные водородные связи, стабилизирующие структуру тРНК: 54U-58A, 55U-18G, 13A-45A, 14A-8U, 15G-48C, 19G-56C

I don't know how to make footer properly. You may as well pretend you haven't seen this phrase!