Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release….

Наименование	Метка поля (line code)	Запись
Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа	ID	TRPC_ECOLI
Стандартное имя последовательности (идентификатор последовательности)	AC	P00909; P78059; P78234; P94704
Название белка, отражающее его функции	DE	Tryptophan biosynthesis protein trpCF
Дата создания документа	DT	21-JUL-1986 (Rel. 01, Created)
Дата последнего исправления аннотации	DT	15-MAR-2004 (Rel. 43, Last annotation update)
Название организма	OS	Escherichia coli
Полное название таксона	OC	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;Enterobacteriaceae; Escherichia
Длина последовательности	SQ	452
Молекулярная масса белка	SQ	49361 а.е.м.
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	8
Название журнала с самой свежей публикацией	RL	Science 277:1453-1474(1997).
Описание вторичной структуры	FT	Присутствует описание вторичной стуктуры в котором присутствует указание на то какие остатки в образовании каких элементов вторичной структуры участвуют. Элементы: петли, бетта-листы, спирали.
Что содержит поле комментариев?	CC	В поле комментариев есть информация о его свойствах, каталитической активности, субъединицах, метаболическом пути и схожих с ним по строению белках
Какие особенности последовательности указаны?	FT	Конфликт 1 и 3 статьей по поводу остатков: 94 (Q -> R), 293 (V -> D0), 329 (A -> V), 398 (S -> T)
Идентификатор файла PDB	DR	1PII, 1JCM

Часть 2:

Описание процедуры составления выборки.

Используя поисковую систему SRS (Sequence Retrieval System)Был выбран банк данных UniProt. http://srs.ebi.ac.uk В поле Species: Escherichia coli, Yersinia pestis и Haemophilus influenzae ищу белки выполняющие ту же функцию что и Триптофан биосинтетаза, при этом указываю что бы отображались поля: ID,Accession Number, Species,Taxonomy.

Строка запроса	Количество найденных документов
Query "((((([uniprot-Description:Tryptophan*] & [uniprot-Description:biosynthesis*]) & [uniprot-Description: protein*]) & [uniprot-Description:trpCF*]) | [uniprot-Description:Tryptophan biosynthesis protein trpCF* ]) & (([uniprot-Taxonomy:eukaryota*])) "	0
Query "((((([uniprot-Description:Tryptophan*] & [uniprot-Description: biosynthesis*]) & [uniprot-Description:protein*]) & [uniprot-Description:trpCF*]) | [uniprot-Description: Tryptophan biosynthesis protein trpCF* ]) & (([uniprot-Taxonomy: bacteria*] ! [uniprot-Taxonomy:firmicutes*]) & [uniprot-Taxonomy: gammaproteobacteria*])) "	15
Query "((((([uniprot-Description:Tryptophan*] & [uniprot-Description: biosynthesis*]) & [uniprot-Description:protein*]) & [uniprot-Description:trpCF*]) | [uniprot-Description: Tryptophan biosynthesis protein trpCF* ]) & (([uniprot-Taxonomy:archaea*])) "	0
Query "((((([uniprot-Description:Tryptophan*] & [uniprot-Description: biosynthesis*]) & [uniprot-Description:protein*]) & [uniprot-Description:trpCF*]) | [uniprot-Description:Tryptophan biosynthesis protein trpCF* ]) & (([uniprot-Taxonomy:firmicutes*])) "	0

---

Часть 3:

Описание выборки.

Здесь необходимо было найти еще по 3 белка к указаным 4, причем поиск осуществлять по определенным таксонам:
по эукариотам (eukaryota) - файлов не найдено;
по археям (archaea) - файлов не найдено;
по фирмицитам (firmicutes) - файлов не найдено;
по Из другим бактерий (не из Firmicutes и не из gammaproteobacteria) - найдено файлов 15.

Назад

Главная страница