Параметры, использованные при запуске BLAST:
- База данных: UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot)
- Организм: -
- Алгоритм: blastp (protein-protein BLAST)
- Максимальный размер выдачи: 100
- Ожидаемый порог: 0.05
- Длина слова: 6
- Матрица: BLOSUM62
- Стоимость гэпа: Existance: 11, Extension: 1
- Фильтры для участков малой сложности: Low complexity regions
Текстовая выдача BLASTВсего находок - 36. Из них для выравнивания было выбрано 6.
Ссылка на выравниваниеПо выравниванию можно сказать, что выбранные белки гомологичны, т.к. содержат много совпадающих участков.
Был выбран полипротеин с ID POL1_CPMVS и AC P03600 вируса Cowpea mosaic virus (strain SB) (CPMV). Из него вырезан белок с названием Protease cofactor и координатами 2..326
Ссылка на последовательность белкаДля выравнивания выбраны все 5 из 5 находок.
Текстовая выдача BLASTПосле добавления параметра Organism: Viruses (taxid:10239) количество находок увеличилось на 1. Добавилась находка с E-value = 0.006.
Значение E-value изменилось для всех находок. Для сравнения возьмем белок P35930.1. E-value изменилось с 1е-145 на 4e-147, то есть уменьшилась в 25 раз. Тогда доля вирусных белков в Swissprot равна 0,04 или 4%.