Отчет за практикум 11

1. Выбор семейства доменов из Pfam для анализа

Для анализа я выбрала семейство DR2241 (PF18069). Выбор был сделан случайным образом, основываясь на рекомендуемых ограничениях.

2. Описание семейства доменов

Название: DR2241 stabilising domain
Id: DR2241
Ac: PF18069
Функция: Это средний домен, обнаруженный в многодоменном белке DR2241. Он активно участвует в стабилизации тетрамера.
Число последовательностей (full): 144
Число последовательностей в выравнивании seed: 25

Количество доменных архитектур - 6. Две самые представленные из них - V4Y4N4_9ARCH (107 последовательностей) и A0A2Z3JH74_9DEIO (30 последовательностей).

3D структура известна для одного белка - Q9RS86_DEIRA (Q9RS86).

99 белка принадлежат домену Archaea и 44 домену Bacteria.

Дата создания HMM профиля выравнивания - февраль 2015, профиль содержит 111 позиций.

3. Карта локального сходства (Dot Plot) двух белков с доменом семейства, но с разной доменной архитектурой

Для построения карты локального сходства были выбраны белки V4Y4N4_9ARCH и A0A2Z3JH74_9DEIO.

На некоторых участках карты (180, 250-270) видны смещения, произошедшие в результате вставок или делеций.

4. Выравнивание доменов семейства и выделение на основании сходства две подгруппы доменов Pfam

Выравнивание в Jalview

С помощью дерева были выделены две крупные подгруппы. В выравнивании они окрашены в розовый(1 подгруппа) и желтый(2 подгруппа) цвета.

Различия между двумя подгруппами:

Номер колонки	Подгруппа 1	Подгруппа 2
1	преобладает V	преобладает H
4-5	преобладает RY	преобладает AW
20-21	преобладает GQ	преобладает GE
91	преобладает Y	преобладает H
108	преобладают D, G	преобладает V
116	преобладают D, E	преобладает R
126-129	много TVAN	в основном VVEE
133	преобладает E	преобладает H

5. Таблица со всеми белками из Uniprot с доменом семейства Pfam

Скачать таблицу Excel

В качестве уровня таксономии было выбрано царство (Superkingdom).
Можно заметить, что в записях семейства нет ни одной из Swiss-Prot (все имеют статус unreviewed).