Отчет за практикум 9

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta	ACCD_ECOLI	ACCD_BACSU	597.0	41.3%	58.4%	36	7
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	814.5	51.1%	66.0%	14	4
6-phosphogluconolactonase	6PGL_ECOLI	6PGL_BACSU	304.5	25.3%	42.0%	62	12

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta	ACCD_ECOLI	ACCD_BACSU	614.0	48.5%	66.5%	5	3	85,2%	88,3%
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha	ACCA_ECOLI	ACCA_BACSU	823.5	53.8%	69.6%	3	2	97,8%	95,1%
6-phosphogluconolactonase	6PGL_ECOLI	6PGL_BACSU	317.0	30.6%	48.7%	16	6	76,1%	75,1%

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Для сравнения взяты белки с полными названиями Sec-independent protein translocase protein TatE и Transcriptional regulatory protein DegU.

Таблица 3. Характеристики глобального и локального парного выравнивания двух белков

Тип выравнивания	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Глобальное	TATE_ECOLI	DEGU_BACSU	13.5	6.6%	11.9%	192	9	100%	100%
Локальное	TATE_ECOLI	DEGU_BACSU	21.5	25.0%	41.7%	7	2	68,7%	18,8%

Вес выравнивания негомологичных белков значительно ниже, чем гомологичных, как видно из таблицы.
В глобальном выравнивании также низка идентичноть и схожесть, а количество гэпов высоко. Для локального выравнивания эти показатели ближе к типичным показателям гомологичных белков, но процент покрытия выравнивания слишком мал.

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для множественного выравнивания были взяты белки с мнемоникой функции 6PGL. Таких белков в Swiss-prot нашлось 107 штук. Из них выбраны: 6PGL_ECOLI, 6PGL_BACSU, 6PGL_HUMAN, 6PGL_RAT, 6PGL_CHLTR, 6PGL_SALPA, 6PGL_ECOSM.

Выравнивание выполнено в Jalview: скачать файл

В целом, по выравниванию можно сказать, что белки гомологичны. До 230 столбца последовательности более конcервативны, чем после. Также можно заметить, что последовательности 6PGL_HUMAN и 6PGL_RAT схожи между собой в большей степени, чем с другими. Это можно объяснить тем, что эти организмы довольно близки (относятся к одному классу Млекопитающие, в то время как остальные являются прокариотами).