Отчет за практикум 10

Для выравнивания были выбраны бактерии из одного рода: Escherichia coli (NC_000913.3) и Escherichia fergusonii (NZ_CP083638.1). Нуклеотидные последовательности были найдены с помощью NCBI ("Browse by Organism").

Затем помощью алгоритмов megablast и blastn (все параметры по умолчанию) были получены карты локального сходства.

Рис.1. Карта локального сходства *Escherichia coli* и *Escherichia fergusonii*, построенная с помощью megablast

Рис.2. Карта локального сходства *Escherichia coli* и *Escherichia fergusonii*, построенная с помощью blastn

На полученных картах видны две параллельные линии, из чего можно сделать вывод, что точки начала считывания у последовательностей различаются. На некоторых участках (500К, 850К, 1500К, 2700К, 4200К) линия смещается, там произошли вставки или делеции. Также на участке 3800-4100 произошла инверсия.

Сравнивая обе карты локального сходства, можно заметить, что на карте blastn много "шума", который появляется из-за повторов.