Отчет за практикум 15

Для выполнения заданий практикума мне были даны чтения с кодом доступа SRR4240378.

Подготовка чтений программой trimmomatic

Скачивание архива с чтениями в рабочую директорию:

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR424/008/SRR4240378/SRR4240378.fastq.gz

Создание файла с адаптерами:

cat /mnt/scratch/NGS/adapters/* > adapters.fa

Удаление адаптеров из чтений (количество чтений до - 4420587, после - 4338744, удалено 81843 (1.85%)):

java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE SRR4240378.fastq.gz -threads 10 no_adapter.fastq.gz -trimlog trim_adapter.log ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:7:7

Удаление нуклеотидов с качеством ниже 20 с правых концов чтений; удаление чтений с длиной менее 32 (осталось 4154738 чтений, удалено 184006 (4.24%)):

java -jar /usr/share/java/trimmomatic.jar SE -threads 10 no_adapter.fastq.gz trimmed.fastq.gz -trimlog trim_lowqual.log TRAILING:20 MINLEN:32

Исходный размер файла SRR4240378.fastq.gz - 91Mb, после удаления адаптеров - 89Mb и после триммирования - 84Mb.

2.Формирование k-меров программой velveth

Разбиение на k-меры (в папке kmers)

velveth kmers 31 -short -fastq.gz trimmed.fastq.gz

3.Сборка на основе k-меров

velvetg kmers

Показатель N50 = 7028.

Самые длинные контиги: 36746(id 8, покрытие 20.017199), 19371(id 57, покрытие 20.546642) и 16745(id 15, покрытие 20.901762)

4.Анализ контигов

Каждый из трех самых длинных контигов был выравнен с хромосомой Buchnera aphidicola(AC — CP009253)

Contig 8

Координаты фрагмента	Identities	Gaps
480874 - 481545	564/686(82%)	20/686(2,9%)
481997 - 488106	4621/6238(74%)	308/6238(4,9%)
493487 - 494864	1109/1384(80%)	13/1384(0,94%)
495033 - 495148	108/120(90%)	5/120(4,2%)
496111 - 500325	3255/4324(75%)	154/4324(3,6%)
500370 - 508806	6516/8617(76%)	351/8617(4,1%)
510438 - 516539	4897/6234(79%)	187/6234(2,9%)

Рис.1. Выравнивание контига 8 c хромосомой *Buchnera aphidicola*

Contig 57

Координаты фрагмента	Identities	Gaps
573092 - 582686	7212/9822(73%)	461/9822(4%)
584329 - 587055	2100/2777(76%)	108/2777(3%)

Рис.2. Выравнивание контига 57 c хромосомой *Buchnera aphidicola*

Contig 15

Координаты фрагмента	Identities	Gaps
144368 - 151796	5863/7536(78%)	243/7536(3%)

Рис.3. Выравнивание контига 15 c хромосомой *Buchnera aphidicola*

Хуже всего на хромосому картировался контиг 8 - семью участками. Лучше всего картировался контиг 15. Контиг 57 "лег" на хромосому тоже неплохо, хотя на участке 582686-584329 видна довольно крупная делеция.