Отчет за практикум 2

Задание 1

C помощью инструментов пакета 3DNA были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК:
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gatc-z.pdb

Задание 2

Для этого задания я выбрала B-форму сгенерированной структуры ДНК. В качестве азотистого основания мне был дан гуанин. Я выбрала 17-ое основание.
В сторону большой бороздки обращены атомы [[DG]17:A.O6, [DG]17:A.C6, [DG]17:A.C5, [DG]17:A.N7, [DG]17:A.C8
В сторону малой бороздки обращены атомы [DG]17:A.N2, [DG]17:A.C2, [DG]17:A.N3, [DG]17:A.C4, [DG]17:A.N9

Фрагмент двухцепочечной ДНК — Изображение гуанина, полученное с помощью MarvinSketch. Красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.

Данные, полученные при изучении остальных сгенерированных структур, внесены в таблицу.

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	7.98 [DC]8:A.P - [DT]27:B.P	17.21 [DC]8:A.P - [DA]30:B.OP2	18.3 [DC]2:A.P - [DC]16:B.P
Ширина малой бороздки	16.97 [DC]12:A.P - [DC]32:B.P	11.69 [DC]12:A.P - [DG]33:B.P	8.68 [DG]7:A.P - [DG]19:B.P

Задание 3

Мне была дана тРНК 1n77. С помощью программ find_pair и analyze я определила:

1) Координаты стеблей:
501-507 ; 572-566
549-553 ; 565-561
538-544 ; 532-526
510-513 ; 525-522

2) Неканонические пары оснований:
502:G-*---U:571
555:U-**+-G:518
538:A-**--C:532
544:A-**--G:526
513:U-*---G:522
514:A-**--A:521

3) Дополнительные стабилизирующие водородные связи:
508U-546A
514A-521A
515G-548C
519G-556C