Отчет за практикум 3
Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Результаты сравнения работы find_pair, einverted и алгоритма Зукера приведены в таблице. Параметры, заданные команде einverted: -gap 1000 -threshold 15 -match 5 -mismatch -50
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 7 пар 5'-501...507-3' 5'-566...572-3' | Предсказано 5 пар из 7 | 7 пар |
| D-стебель | 4 пары 5'-510...513-3' 5'-522...525-3' | Предсказано 0 пар | 5 пар |
| T-стебель | 5 пар 5'-549...553-3' 5'-561...565-3' | Предсказано 5 пар из 5 | 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 7 пар 5'-538...544-3' 5'-526...532-3' | Предсказано 0 пар | 5 пар |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 пары | 10 пар верно | 22 пары |
Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Для выполнения задания мне был дан белок 1a02 (цепи цепи F и J).
С помощью команды define JMol были определены множества атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1), кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2), азота в азотистых основаниях (set3)
script1Последовательное изображение всей структуры:
script2Подсчет числа контактов:
script3| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 10 | 14 |
| остатками фосфорной кислоты | 13 | 6 | 19 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 12 | 17 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot: nucplot.pdf
Аминокислотный остаток с наибольшим числом контактов - аспарагин 147 цепи F. Он взаимодействует с цитозином 4016, аденином 5005 и тимином 5006. Аспарагин 147 наиболее важен для распознавания последовательности ДНК, т.к. с помощью него белок узнает последовательность из 3 нуклеотидов.
