Отчет за практикум 11

GO

Для выполнения практикума мне был дан список ID, который можно увидеть здесь. Сначала я решила провести поиск по базе данных GO. Он был запущен с опциями "biological process" и "Homo sapiens". Оказалось, что большинство моих белков участвуют в процессах бета-окисления жирных кислот. Результат работы сервиса привожу на Рис. 1.

STRING

Затем я решила посмотреть базу данных STRING, она показалась мне более интересной.

Я получила граф (Рис. 2), в котором связаны между собой все белки, кроме UEVLD и LDHAL6B. Эти два белка являются лактатдегидрогеназами.

Также видна очень сильная связь между ACAD10, ACAD11, ACAD8, ACAD9, ACADM, ACADS, ACADSB, ECHDC2 (там и экспериментально подтвержденные взаимодействия, и гомология, и коэкспрессия, и все-все-все). Хотя эту связь можно было предположить и из их ID (ну кроме ECHDC2). Все эти белки участвуют в различных процессах в митохондриях.

Теперь посмотрим на появление белков в разных организмах (Рис. 3).

Мне показалось интересным, что согласно String белок ACAD11 отсутсвует у Gorilla gorilla, очень близких к Homo sapiens (только его из всех белков программа выравнивает с другим белком ACAD10). Я решила поискать информацию по этому поводу и нашла исследование, в котором проводили сравнение геномов человекообразных обезьян. Покопавшись в материалах статьи (во всяких бесконечных таблицах...) я нашла информацию о нужном белке! Оказалось, что у Западной равнинной гориллы (она же Gorilla gorilla) действительно отсутствует ACAD11, произошла делеция. А также у некоторых других гоминидов, которых они исследовали: Macaca mulatta (Rhesus macaque) и Pan troglodytes (Chimpanzee).