Практикум 11.

1. Случайным образом я выбрала семейство доменов LIFR_N (PF18207)

2. Семейство доменов: LIFR_N (PF18207)

ID: PF18207

Это семейство доменов N-концевых рецепторов факторов ингибирования лейкимии.

Функция домена: это рецептор на поверхности клеток, выступающий посредником активности факторов ингибирования лейкимии и других Интерлейкинов-6 (ИЛ-6) через формирование сигнальных комплексов с гликопротеином 130(gp130)[1].

Число последовательностей (full) — 198. Число последовательностей в выравнивании seed (Alignment) — 33

Число доменных архитектур с этим доменом — 6, две из которых представлены 102 белками (структуры LIFR_N, LIFR_D2, fn3 ) и 87 (структуры LIFR_N, LIFR_D2) белками соответственно.

3d структура известна для 3х белков содержащих домен семейства: LIFR_HUMAN (человеческий рецептор факторов ингибирования лейкимии, цепь А), LIFR_MOUSE мышиный рецептор факторов ингибирования лейкимии, цепи А и С)

Домены из этого семейства встречаются только у 137 видов позвоночных.

HMM профиль выравнивания был создан в 2015 году, и содержит 79 позиций.

3. Карта локального свойства двух белков с разной доменной архитектурой

Видно, что белки выровнялись хорошо, они практически сходны. Есть только 2 небольших участка длиной не более чем в 5 ак остатков, которые подверглись делеции или вставке (между 90-100 ак остатками и 960-970 ак остатками).

При таком высоком значении E-value на карте видны и участки малого сходства (280-460, 880-890)

4.Выделение двух подгрупп доменов Pfam в выравнивании на основании сходства

ссылка на скачивание проекта Jalview

1-я немногочисленная подгруппа обозначена лазурным цветом

Ее особенности:

в 12ом элементе выравнивания находится - Q,

13ом - N,

15ом - T,

19ом - H,

24ом - V,

27ом - T,

29ом - T,

39, 40 - DD,

45ом - Y,

47ом - F,

49ом - Y,

52ом - S,

61ом - S,

66ом - E,

67ом - K,

71ом - T,

72ом - F,

75ом - L,

76ом - I,

78ом - F,

79ом - D,

85ом - I,

87ом - T,

88ом - F,

89ом - N,

90ом - S.

Вторую группу (отмечена синим цветом) можно охарактеризовать отсутствием вышеперечисленных элементов (аминокислотных остатков в соответствующих позициях) и следующими “колонками” :

72 - I (присутствует в большинстве последовательностей. Cтоит учесть что последовательностей во второй группе значительно больше, поэтому полностью совпадающие колонки ак остатков тут встречаются реже)

73 - P (не полностью совпадающий участок)

84 - T (встречается примерно столько же раз, сколько и P)

100 - F

5. Таблица со всеми белками из Uniprot с доменом семейства Pfam

ссылка на скачивание таблицы

Uniprot выдал больше белков с доменом, чем указано в Pfam в выравнивании full (в full - 198, в uniprot - 452) т.к. выравнивание full основано на сравнении с "демонстрационными протеомами"(representive proteoms) для порога сходства в 15%, 35%, 55%, 75%.

Процент белков, чье существование надежно доказано в Swiss-prot составляет 100%(4 белка из 4х. По отношению ко всем 452 белкам это лишь 0,885%):

Исходя из данных скачанной таблицы, процент белков, чье существование надежно доказано (группы "Evidence at protein level","Evidence at transcript level") составляет 4,87%.

Cписок литературы

1 . Huyton T, Zhang JG, Luo CS, Lou MZ, Hilton DJ, Nicola NA, Garrett TP;, Proc Natl Acad Sci U S A. 2007;104:12737-12742.: An unusual cytokine:Ig-domain interaction revealed in the crystal structure of leukemia inhibitory factor (LIF) in complex with the LIF receptor.