| ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|
| FOLB_BACSU | 114,5 | 26,40% | 44,80% | 6,40% | 3 |
| SYL_BACSU | 1830,5 | 43,00% | 58,60% | 8,50% | 14 |
| KPRS_BACSU | 794 | 49,80% | 69,80% | 3,10% | 5 |
| MIAB_BACSU | 956,5 | 36,40% | 54,00% | 17,60% | 6 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Dihydroneopterin aldolase | FOLB_ECOLI | FOLB_BACSU | 120 | 30,00% | 50,00% | 1,00% | 1 | 81,97% | 84,17% |
| Leucine--tRNA ligase | SYL_ECOLI | SYL_BACSU | 1832,5 | 43,30% | 59,00% | 8,30% | 13 | 99,30% | 99,50% |
| Ribose-phosphate pyrophosphokinase | KPRS_ECOLI | KPRS_BACSU | 798 | 51,40% | 72,00% | 1,00% | 3 | 98,73% | 97,16% |
| Dimethylallyl adenosine tRNA methylthiotransferase MiaB | MIAB_ECOLI | MIAB_BACSU | 964,5 | 44,30% | 65,70% | 1,10% | 4 | 92,41% | 85,85% |
| Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GTPase Obg | Chemotaxis protein CheA | OBG_ECOLI | CHEA_BACSU | 47,5 | 4,50% | 7,70% | 85,60% | 14 |
| Protein Name1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GTPase Obg | Chemotaxis protein CheA | OBG_ECOLI | CHEA_BACSU | 71,0 | 23,00% | 37,30% | 20,70% | 9 | 48,72% | 29,61% |
Глобальное парное выравнивание белков с разной мнемоникой имеет минимальные зачения "схожести". Больший процент "схожести" демонстрирует локальное парное выравнивание белков. Различаются и длины выбранных белков: OBG_ECOLI- 390 а/к остатка; CHEA_BACSU - 672 а/к остатка.
Были выбраны белки с Мнемоникой KPRS. Рибоза фосфатпирофосфокиназа (Ribose-phosphate pyrophosphokinase ) — рекомендованное название из E. coli. Всего нашлось 138 записей о белках, из которых 131 были активны. Был найден 131 белок с такой мнемоникой. Cреди них для проведения множественного выравнивания были выбраны белки следующих семи организмов :
Escherichia coli (strain K12)
Bacillus subtilis (strain 168)
Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii)
Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)
Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (Pyrococcus kodakaraensis (strain KOD1))
Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)
Выравнивание было выполнено с помощью программы seqret и muscle и визуализировано в программе Jalview (ссылка на проект Jalview).
Белки выровнялись хорошо, найдены 33 полностью совпадающих участка. Всего 60 участков выравнивая с одной заменой или полным совпадением аминокислотных остатков. Cамый гомологичный участок выравнивания — 230-240.