Практикум 10.

Был проведен поиск в “геномах NCBI” с помощью запросов “Pseudomonas lurida” и “Pseudomonas extremorientalis” среди геномов полной сборки. Данные организмы были выбраны т.к. являются достаточно близкими друг к другу:

Рис. 1.Часть филогенетического дерева рода Pseudomonas отражающая родство P. lurida и P. extremorientalis[1].

Были построены карты локального сходства для геномов этих двух организмов с помощью megablst и blastn с параметрами, выставленными по-умолчанию.

Рис. 2.Карта локального сходства последовательностей Pseudomonas lurida и Pseudomonas extremorientalis, построенная с помощью megablast.[1].
Рис. 3.Карта локального сходства последовательностей Pseudomonas lurida и Pseudomonas extremorientalis, построенная с помощью blastn

Инверсии отмечены красными кругами координаты инвертируемых участок в геноме P. lurida:

0-100к, 400к-500к, 500к-700к, 2350к-3950к (многочисленные инверсии на этом промежутке), 4700к - 5000к, 5150к - 5400к.

Отмечен фиолетовым цветом участок с координатами 2100к-2400к в геноме P. lurida имеет малое количество делеций и вставок, из-за чего график меняет свой угол наклона несколько раз.

Синим цветом отмечен совпадающий участок последовательностей, который расположен на графике в нижнем левом углу, т.к. ориджин в двух последовательностях был найден и отмечен в разных местах.

Желтым цветом отмечены просматриваемые на графике megablast повторы, которые теряются на фоне многочисленных повторов на графике blastn.

Источники:

1.Rangel, L. I., Henkels, M. D., Shaffer, B. T., Walker, F. L., Davis, E. W., Stockwell, V. O., ... & Loper, J. E. (2016). Characterization of toxin complex gene clusters and insect toxicity of bacteria representing four subgroups of Pseudomonas fluorescens. PloS one, 11(8), e0161120.