Для анализа была выбрана B-форма днк и "выданное" мне основание - тимин:
В сторону большой бороздки обращены атомы:[DT]7: A.O4(), [DT]7: A.C4(), [DT]7:A.C5(), [DT]7:A.C7(), [DT]7:A.C6().
В сторону малой бороздки обращены атомы [DT]7:A.N1(), [DT]7:A.C2(), [DT]7:A.O2, [DT]7:A.N3().
Изучение экспериментальных структур A- и B-форм ДНК и сгенерированной структуры Z-формы:
| А-форма | В-форма | Z-форма* | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 30,15 | 30,78 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 13,70 | 19,85 | 8,68 |
| Ширина малой бороздки | 16,57 | 12,55 | 23,51 |
*для z-формы была использована сгенерированная с помощью команды fiber структура, с 10-ю 'gc' повторами, т.к. экспериментально полученная Z-форма ДНК была слишком короткой.
Координаты найденных стеблей:
| стебли: | 1-й | 2-й | 3-й | 4-й |
|---|---|---|---|---|
| цепь 1 | [501:507] | [549:533] | [542:544] | [510:513] |
| цепь 2 | [566:572] | [561:565] | [526:528] | [522:525] |
8 неканонический пар оснований в структуре т-РНК и информация о них:
| 4 (0.009) ....>Y:.504_:[..U]U-*---G[..G]:.569_:Y<.... (0.008) | |
|---|---|
| 13 (0.009) ....>Y:.554_:[5MU]t-**--a[1MA]:.558_:Y<.... (0.006) | |
| 14 (0.039) ....>Y:.555_:[PSU]P-**+-g[OMG]:.518_:Y<.... (0.009) | |
| 15 (0.011) ....>Y:.542_:[..U]U-**--A[..A]:.528_:Y<.... (0.009) | |
| 17 (0.009) ....>Y:.544_:[..A]A-**--g[M2G]:.526_:Y<.... (0.012) | |
| 21 (0.008) ....>Y:.513_:[..A]A-**--A[..A]:.522_:Y<.... (0.007) | |
| 22 (0.007) ....>Y:.514_:[..A]A-**--U[..U]:.508_:Y<.... (0.009) | |
| 23 (0.010) ....>Y:.515_:[..G]G-**+-c[5MC]:.548_:Y<.... (0.006) |
Также имеется дополнительная водородная связь, стабилизирующая третичную структуру т-РНК:
24 (0.009) ....>Y:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:Y<.... (0.008)