Практикум 4.

Задание 1.

Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов

Рис.1.Результат программы einverted.

Рис.2.Визуализация вторичной структуры тРНК с помощью веб-сервиса

.
Участок структуры Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'-501-507-3'
5'-566-572-3'
7 пар		 6/7 7/7
D-стебель 5'-510-513-3'
5'-522-525-3'
4 пары		 2/4 0/4
T-стебель 5'-549-553-3'
5'-561-565-3'
5 пар		 2/5 5/5
Антикодоновый стебель 5'-526-528-3'
5'-542-544-3'
3 пары		 1/3 2/3
Общее число канонических пар нуклеотидов 16 23 23
Таб.1. Сравнительная таблица по результатам программ find_pair, einverted и алгоритму Зукера.

Задание 2.

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Cкрипт 1 - задает множество атомов.

Cкрипт 2, вызов которого в JMol даст последовательное изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.

Cкрипт 3, для подсчета контактов.

Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 4 13 17
остатками фосфорной кислоты 7 8 15
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 2 8 10
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 1 1 2
Таб.2. Контакты разных типов.
Получение популярных схем ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot.

Схема 1.

Схема 2.

Схема 3.


Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК является Arg3(C) – 2 контакта

Аминокислотный остаток, наиболее важный для распознавания последовательности - Arg5: он образует водородную связь с тимином, что указывает на специфичное распознавание.