Практикум 7.

Задание 1.

Я выбрала геном эукариота Ailuropoda melanoleuca - большой панды.

Это вид из отряда хищных животных (Сarnivore) семейства медвежьих (Ursidae). Большие панды на данный момент относятся к уязвимым видам. Интересно, что долгое время систематика Ailuropoda melanoleuca была предметом дискуссий. К какому семейству относятся большие панды: медвежьи или енотовые установили с помощью молекулярных исследований[1].

Гаплоидный набор хромосом этого вида содержит 21 хромосому. (2n=42)[2].

Он был найден с помощью запроса ‘Ailuropoda melanoleuca’, результатом которого было 2 сборки.

Уровень выбранной сборки - Chromosome, т.е. геном был собран до уровня хромосом.

Также данная сборка является референсной - то есть, она считается хорошо сделанной, а также отмечена NCBI как стандарт, среди “оставшихся данных” (других сборок геномов этого организма).

Задание 2.

id GenBank	GCA_002007445.3
id RefSeq	GCF_002007445.2
Общий размер генома	2,4 Gb
Scaffold N50	129,2 Mb	Длина скэффолда, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в скэффолдах такой и большей длины
Scaffold L50	8	Число скэффолдов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки
Contig N50	127,7 kb	Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такойи большей длины
Contig L50	5,332	Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки