term4/pr4.html

Практикум 4.

Задание 1.

Были найдены гомологи белка CLPX_ECOLI в заданных организмах (см. прак. 1) с помощью программы blastp с порогом на E-value 0,001. Результат доступен по ссылке.

Задание 2.

С помощью Jalview был получен объединенный fasta-файл

Реконструировав дерево найденных гомологичных CPLX_ECOLI белков, видно, что среди них есть ортологи и паралоги:

Ортологи	Паралоги
Q82EB8 STRAW и Q6NFB1 CORDI Q6ACQ0_LEIXX и Q8G3S2_BIFLO FTSH_RUBXD и FTSH_ACIC1	Q6NF92_CORDI и Q6NFB1_CORDI RUVB_BIFLO и CLPX_BIFLO Q1AY82_RUBXD и Q1AU05_RUBXD

Формула дерева в формате newick

Также были получены изображения реконструированного дерева с укоренением посередине: с видимыми ортологичными группами (рис.1) и со скрытыми ортологичными группами (рис.2). Каждая окрашенная ярким цветом ортологичная группа содержит в себе более 3х белков.

**Рис. 1.***Дерево c тремя видимыми группами ортологов*.

**Рис. 2.**Дерево c тремя группами ортологов в свернутом виде. Зеленая группа состоит из следующих белков: протеазы (Q8G871_BIFLO), АТФ-азы AA2 (Q1AU05_RUBXD), АТФ-зависимой АТФ-связывающей субъединицы протеазы Clp (Q6NFB1_CORDI), предположительной АТФ-зависимая протеазы Clp(Q82EB8_STRAW). Голубая группа включает в себя белки с функцией АТФ-зависимой Clp протеазы АТФ-связывающей субъединицы ClpX. Фиолетовая группа содержит в себе только АТФ-зависимые цинковые металлопротеазы FtsH. Из трех групп, совпадающими с деревом бактерий являюется лишь фиолтеовая. Остальные группы в своем составе имеют белок rubxd. На референсе - rubxd самый дальний по отношению к любому организму эталонного дерева, чего нельзя сказать о белках rubxd в зеленой и голубой группе..