Седьмой семестр

Поиск по PDB и содержание PDB файла

1. Примеры атомов с коэффициентом заполнения (Occupancy), не равным 1 из структуры 5YOK.

2. Не расшифрованные аминокислотные остатки в структуре 6BZX.

3. C PDB структурой белка связаны три последовательности:
(1) последовательность природного белка из Uniprot;
(2) последовательность белка, который кристаллизовали — он может отличаться наличием тэгов, или же быть частью природного белка, например, доменом;
(3) та часть последовательности (2), которая соответствует "видимой" методом РСА (то есть одинаково расположенной во всех ячейках кристалла) части белка.

6QD5 - структура, для которой (1) и (2) не совпадают. Ниже представлены отсутствующие или замененные по разным причинам в PDB по сравнению с UniProt остатки этой структуры, в том числе не расшифрованные а/к остатки.

4. Худший и лучший B-фактор в структуре 2WHG