Для сравнения структур, полученных разными методами, был выбран белок PHL P 2 Timothy Grass Pollen Allergen.
1WHO (РСА) - разрешение: 1,9.
1BMW (ЯМР) - 38 моделей.
| Расположение | Номера и типы остатков | Расстояние РСА | Доля связи ЯМР (%) | Для структур, в которых есть связь | Для структур, в которых нет связи | ||||
| Максимальное расстояние ЯМР | Минимальное расстояние ЯМР | Медианное значение расстояния ЯМР | Максимальное расстояние ЯМР | Минимальное расстояние ЯМР | Медианное значение расстояния ЯМР | ||||
| бета-лист, остов, внутри глобулы |
VAL19 N - TRP52 O | 2,8 | 95 | 2,8 | 1,8 | 2,3 | 2,7 | 2,7 | 2,7 |
| петля, боковые цепи, на поверхности |
THR27 OG1 - GLU71 OE1 | 2,9 | 0 | - | - | - | 7,2 | 3,5 | 5,65 |
Связи боковых цепей в ядре обнаружено не было - по команде:
hbonds, visible and sidechain and ss s, visible and sidechain and ss s, 3.5, mode=2 (когда к visible относится вся структура 1who),
обнаруживаются две водородные связи
(ARG'67/NH1 - GLU'32/OE1 и THR'7/OG1 - THR'91/OG1), обе на поверхности,
поэтому для них в целом картина такая же, как для связи (THR'27/OG1 - GLU'71/OE1) боковых цепей остатков петли на поверхности.
Рисунок 1. Остовная водородная связь в ядре белка, в бета-листе (VAL19 - TRP52)
Рисунок 2. Водородная связь в петле, выходящей на поверхность глобулы (THR27 - GLU71)