Определение вторичной структуры
Сравниение вторичной структуры, определенной с помощью сервиса Stride и имеющейся в PDB производилось для структуры 2WHG.
Выдача Stride
Примеры альфа-спиралей
1) PDB: ALA89-GLN102; Stride: ALA89-ILE103
2) PDB: PRO137-GLU146; Stride: PRO137-GLU146
Примеры бета-тяжей
1) PDB: ALA65- ASP76; Stride: ALA65-ASP76
2) PDB: ALA164-PHE167; Stride: ASP163-PHE167
Сервис находит те же элементы, которые указаны в PDB, местами включает по краям на 1-2 остатка больше.
Рисунок 1. Визуальная выдача Stride
Рисунок 2. Выбранные для иллюстрации различий элементы вторичной структуры