Для поиска структурных гомологов белка металло-бета-лактамазы VIM-4 был использован сервис PDBeFold. Поиск производился по цепи A. Из полученных находок для дальнейшего рассмотрения были выбраны структуры 6ewe (BCII Metallo-beta-lactamase); 2doo (IMP-1); 5act (Metallo-beta-lactamase GIM-1 с заменой нескольких а/к). Далее с помощью того же сервиса было построено совмещение четырех структур (Рисунок 1), а также получено выравнивание, основанное на структуре (Рисунок 3). Основные характеристики полученного совмещения смотри в таблице:
Кроме того в JalView было построено множественное выравнивание (Muscle) по последовательностям (Рисунок 2). Различий выровненных участков при выравнивании на основании структуре и на основании последовательности не наблюдается.
Рисунок 1. Совмещение выбранных структур
Рисунок 3. Множественное выравнивание по структуре
Рисунок 2. Множественное выравнивание по последовательности