Ацетилполиамин-амидогидролаза (APAH) из грамотрицательной бактерии Mycoplana ramosa из рода Mycoplana представляет собой цинк-зависимую полиаминоацетилазу, которая примерно на 20% идентична аминокислотной последовательности гистондеацетилаз человека. APAH принадлежит к классу полиаминов, которые являются незаменимыми алифатическими поликатионами и связываются с нуклеиновыми кислотами и, соответственно, принимают участие в различных клеточных процессах. Функция полиамина может регулироваться ацетилированием и деацетилированием, так же как и функция гистона может регулироваться ацетилированием и деацетилированием лизина.
Белок имеет 5 типов лигандов, в том числе ионы калия и цинка, глицерол, 7-амино-азот-гидроксигептанамид и катион аммония. Все лиганды связаны с обеими цепями А и В.
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
| # | Имена атомов | Длина связи (А) | Угол N-O-C (°) |
|---|---|---|---|
АЛЬФА-СПИРАЛИ | |||
| 1 | N(267LYS)-O(263THR) | 3.2509546 | 155.14482 |
| 2 | N(258TRP)-O(254PRO) | 3.092561 | 157.8964 |
| 3 | N(269ILE)-O(265SER) | 3.155545 | 153.20255 |
БЕТА-ТЯЖИ | 1 | N(216SER)-O(245ALA) | 3.168471 | 159.95706 |
| 2 | N(247TYR)-O(216SER) | 3.0562441 | 168.70071 |
| 3 | N(218HIS)-O(247TYR) | 3.403614 | 139.25041 |
Среднее длин водородных связей составило 3.16635Å в альфа-спирали и 3.20944Å в бета-тяжах. Среднее значение углов N-O-C в альфа-спирали составило 155.41459, в бета-тяжах 155.96939. Это согласуется с теоретическими данными [1].
[1] Ivan Y. Torshin Irene T. Weber Robert W. Harrison, "Geometric criteria of hydrogen bonds in proteins and identification of `bifurcated' hydrogen bonds", Protein Engineering, Design and Selection, Volume 15, Issue 5, 1 May 2002, Pages 359–363
[2] Белок в PDB
Вернуться на страницу второго семестра
Вернуться на главную страницу