Практикум 13. Множественные выравнивания

Я искала белки с доменом PF01880, который встречается у моего белка DFX_DESB2(Q46495). С помощью "Fetch ..." в Jalview построила выравнивание белков с данным домном, затем используя "Remove redundancy" и постепенно понижая порог уменьшила количество последовательностей в выравнивании до 15.

В 41 первых позициях были гэпы, я эту часть спрятала. Покрасила по Clustal. Вижу 6 центров, вокруг которых все разноцветное - возможно гомологичные участки. На диаграмме ниже - 4 "вспышки" консервативности. Был обнаружен гомологичный блок (позиции 154-160 а.о.). Здесь и процент консервативности позиций в целом выше, чем у других участков, и аминокислотный состав практически одинаков.

Вообще, если хорошо подумать и мысленно исключить гэпы, то мы получим практически идентичные последовательности, но здесь выравнивание неплотное, это неочевидно.

Результат выравнивания можно увидеть на рисунке 1.

Рисунок 1. Множественное выравнивание белков с доменом PF01880