Практикум 10. Геномные браузеры

1. UCSC

имя гена (краткое): INSRR
идентификатор гена в Gencode: ENSG00000027644.5
на какой цепи он закодирован: -
в какой хромосоме находится (и в каком месте на ней - экзоны): chr1 (156,840,873-156,858,621)
к каким плечу и полосе принадлежит участок: хромосома 1, длинное (q) плечо, полоса 23.1
сколько альтернативных продуктов (транскриптов) закодировано в гене: 1
идентификаторы Gencode для транскриптов: ENST00000368195.4
длина транскрипта: 1,297



окрестность гена из Genome Browser c треками



2. Ensembl

INSRR - Insulin receptor-related protein. Выравнивание гена INSRR человека и гомологичного ему гена шимпанзе.

NameSequence LengthAligned LengthGap LengthDifference
INSRR_HUMAN_1-1297 1297 1297 0 0
H2Q0A5_PANTR_1-1288 1288 1297 9 10
Белок очень консервативный, процент различия - 0.77%. Это согласуется с данными о том, что разлицичается у нас и шимпанзе около процента ДНК (Science: "humans share about 99% of our DNA with chimpanzees, making them our closest living relatives"; Scientific American: "Most studies indicate that when genomic regions are compared between chimpanzees and humans, they share about 98.5 percent sequence identity")

3. Genome Data Viewer

In progress