Практикум 7. Банки нуклеотидных последовательностей
1. "Настала пора подойти поближе к полосатику" (или качество сборки генома эукариотического организма)
Синий полосатик (синий кит), Balaenoptera musculus, сем. Полосатиковые.Самое большое современное животное, возможно, и вовсе самое крупное из всех когда-либо существовавших.
Носит охранный статус EN (вымирающий вид), за это спасибо китобоям. А полосатикам и Жюлю Верну спасибо за замечательный роман.
Cборок генома 1 штука.
| Название | mBalMus1 |
|---|---|
| AC сборки из GenBank | GCA_008658375.1 |
| Assembly level | Contig |
| Общая длина последовательности (Mb) | 1876.09 |
| Число скэффолдов | 12,574 |
| Scaffold N50 | -- |
| Scaffold L50 | -- |
| Число контигов | 12,574 |
| Contig N50 | 270,330 |
| Contig L50 | 2,122 |
| Число аннотированных белков | -- |
| Ссылка на публикацию с описанием проекта | Comparison between the complete mtDNA sequences of the blue and the fin whale, two species that can hybridize in nature |
| Ссылка на последовательность одного из контигов в формате .fasta (файл на kodomo) | "whole genome shotgun" -> "WGS" -> VNFD01000001.1 |
2. Вирус прокариот
| Поиск | "((((((Microviridae[Organism]) AND Complete genome) AND 6000:7000[Sequence Length])))) AND (RefSeq OR GenBank)" - поиск в NCBI Nucleotide с помощью кнопки Advance |
|---|---|
| Сколько находок в GenBank и RefSeq | 243 находки, из них 227 - GenBank и 16 - RefSeq |
| AC записи (GenBank) | MK629527.1 |
| Lat название и TaxID вида | Escherichia phage Lilleven, 2562234 |
| Тип генома | DNA, линейный |
| Хозяин вируса | Бактерия Escherichia coli штамм MG1655 K12 |
| Ссылка на файл .fasta с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS) | Скачать файл ("Send to" -> "Coding Sequences" -> "FASTA Nucleotide" -> "Create File") |
3. Ключи в таблицах особенностей
Спонсор таблицы - "The DDBJ/ENA/GenBank Feature Table Definition" на сайте INSDC.| Ключ | Описание | Пример использования | Еще какие-то слова |
|---|---|---|---|
| misc_recomb | сайт любого обобщенного, сайт-специфического или репликативного события рекомбинации, где произошла поломка и воссоединение дуплексной ДНК, которое не может быть описано с помощью других ключей рекомбинации | misc_recomb 265^266 |
запись MN435619.1 |
| modified_base | данный нуклеотид модифицирован и должен быть заменен указанной молекулой (в случае приведенного примера - a/c/g/t) | modified_base (773)..(773)
/note='a, c, g, or t' |
запись LV489174.1 |
| oriT | область молекулы ДНК, где инициируется перенос в процессе конъюгации и мобилизации | oriT 105547..105870
/note="oriT region" |
запись MK430046.1 |
| transit_peptide | координаты последовательности, кодирующей транзитный пептид; кодирующая последовательность для N-концевого домена закодированных в ядре белков органелл; этот домен участвует в посттрансляционном включении белка в органеллу | transit_peptide 210..261 |
запись Y08567.1 |
| ncRNA | ген, не кодирующий белок; не такой, как рРНК и тРНК, функциональной молекулой которого является рнк-транскрипт | ncRNA complement(5108..5215)
/ncRNA_class="antisense_RNA"
/gene="rprA"
/locus_tag="GDB59_RS16125"
/product="antisense sRNA RprA"
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF00034"
/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: cmsearch."
/db_xref="RFAM:RF00034" |
запись NZ_CABWGJ010000080.1 |
| primer_bind | нековалентный сайт связывания с праймером для инициации репликации, транскрипции или обратной транскрипции; это может быть сайт для синтетических праймеров (например, задизайненных для ПЦР) | primer_bind 34..54
/note="forward_primer"
/PCR_conditions="denaturation 94degC 2 min; 35 cycles
94degC 1 min, 55degC 1 min, 72degC 1 min; final extention
72degC 3 min" |
запись LC430018.1 |
| rep_origin | ориджин - точка начала репликации, стартовый сайт дупликации нуклеиновой кислоты для получения идентичных копий | rep_origin 5897..5931
/note="light strand origin of replication" |
запись MK166027.1 |