Практикум 13. Мембранные белки
Цель работы - поработать воображалкой
Придумать организм и белок
на днях я засушила очень красивую орхидею. имея натуру долго и слишком сильно грустить, я очень много думала об этом, и это подтолкнуло меня к размышлениям о питании растений.
дальше было 2 вопроса.
1. как именно осуществляется всасывание минеральных веществ клетками корня? вероятно, посредством везикул. хорошо, а как работает везикулярный транспорт? в лаборатории я изучаю фосфоинозитиды, которые также входят в состав мембран везикул, но лезть в тему образования везикул мне всегда было немного страшно (сколько там может быть всякого интересного, что можно закопаться надолго)
с образованием везикул правда сложно, но, оказалось, там есть АТФ-зависимая протонная помпа, которая осуществляет обмен ионов натрия на ионы водорода - это нужно для корректной работы ферментов - протеаз, гликозидаз, сульфатаз и прочих (им ок в кислой среде)
у растений в образовании везикул участвует VH+ - АТФаза, жаль только ее не было в ПДБ (поиск по растениям).
2. в ключе трансмембранных белков было бы логично подумать про белки хлоропластов или АГ. поскольку я дальше ничего не знаю, то просто полезла искать любые белки, нашла трансмембранную аскорбат-зависимую оксидоредуктазу (цитохром b561 с 2-мя гемами). в PDB хранится его структура для резуховидки таля (PDB ID = 4O79).
вот картинка из PDB:
Н.П. Битюцкий, "Минеральное питание растений"
Предсказание трансмембранных участков при помощи сервиса TMHMM
Опишите, результат предсказания. Сколько трансмембранных участков, есть ли внутриклеточные участки. Какие другие особенности вы наблюдаете?
предсказание говорит нам, что у белка 6 трансмембранных участков, 3 смотрят внутрь АГ и 3 - наружу. визуализация в OPM (см ниже) подтверждает эти данные!
можно немного запутаться и подумать, что внутри АГ не 3, а 4 участка, но структура замкнута в кольцо, так что это один и тот же участок. как материки на гугл-картах.
Визуализация расположения белка в мембране
я воспользоваться готовой визуализацией из OPM:
