1. Укоренение с использованием внешней группы

2. Бутстрэп

На чем все основано?
Из входного выравнивания делается много (например, 100) так наз. «бутстрэп-реплик».
Каждая бутстрэп-реплика получается в результате случайного выбора столбцов из выравнивания в том же количестве, что в исходном выравнивании. В результате некоторые столбцы выбираются один раз, некоторые дважды, некоторые ни разу.
Смысл в том, чтобы построить дерево по части данных и затем сравнить результаты от по разному выбранных частей.
Так, опираясь на одно лишь входное выравнивание, можно получить несколько различных филогенетических деревьев (какие столбцы нам посчастливилось взять).
Создаем 100 бутстрэп-реплик, для каждой строим по дереву, и из этих ста деревьев строим одно по методу Extended majority-rule tree.

3. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

INFO