Протеом Escherichia coli (штамм K12)(идентификатор: UP000000625), содержайщий 4307 белка и 1201245 остатков, и протеом Bacillus licheniformis (штамм ATCC 14580) (идентификатор: UP000000606), содержащий 4164 белка и 1356178 остатков, проанализированы программой wordcount пакета EMBOSS. Результаты представлены в таблице 1.
Таблица 1
| Остаток | Встречаемость в B. licheniformis, % | Встречаемость в E. coli, % | Разница |
| L | 9.8 | 10.7 | 0.9 |
| A | 8.0 | 9.5 | 1.5 |
| E | 7.4 | 5.8 | -1.6 |
| G | 7.2 | 7.4 | 0.2 |
| I | 7.2 | 6.0 | -1.2 |
| K | 7.1 | 4.4 | -2.7 |
| V | 6.7 | 7.1 | 0.4 |
| S | 6.0 | 5.8 | -0.2 |
| T | 5.2 | 5.4 | 0.2 |
| D | 5.1 | 5.2 | 0.1 |
| F | 4.6 | 3.9 | -0.7 |
| R | 4.4 | 5.5 | 1.1 |
| N | 3.8 | 3.9 | 0.1 |
| P | 3.8 | 4.4 | 0.6 |
| Q | 3.5 | 4.4 | 0.9 |
| Y | 3.4 | 2.8 | -0.6 |
| M | 2.7 | 2.8 | 0.1 |
| H | 2.2 | 2.3 | 0.1 |
| W | 1.0 | 1.5 | 0.5 |
| C | 0.8 | 1.2 | 0.4 |
Разница в содержании аминокислотных остатков в протеомах составляет от 0.1 (аспарагиновая кислота, аспарагин, метионин, гистидин в пользу B. licheniformis) до 2.7 процента (лизин в пользу E. coli).
Три самых частых остатка в составе протеома E. coli: лейцин, аланин, глутаминовая кислота. Три самых редких: цистеин, триптофан, гистидин.
Три самых частых остатка в составе протеома B. licheniformis: лейцин, аланин, глицин. Три самых редких: цистеин, триптофан, гистидин.