Сервис CluD обнаружил 50 гидрофобных ядер, из них значимым количеством атомов обладают первое и двадцать восьмое ядра. Результаты представлены в таблице 1.
Таблица 1.
| Гидрофобное ядро | Количество атомов | Процент от общего числа атомов белка |
| Все ядра | 5380 | 29% |
| Ядро 1 | 5043 | 27% |
| Ядро 28 | 119 | 0.6% |
Гидрофобные ядра распологаются в большей степени внутри белка. Относительно небольшое гидрофобное ядро 28 находится в субъединице С. Так как в остальном субъединицы белка идентичны (представляют собой цепи одного и того же белка, все связаны с лигандом - ионом магния), то можно предположить, что ядро 28 является частью ядра 1, а не самостоятельным образованием, имеющим определённую функцию.
Для второго задания был выбран остаток фенилаланина [PHE]114:B. Было последовательно изучено количество атомов, находящихся на определённом удалении от фениаланина-114. Результаты описаны в таблице 2.
Таблица 2.
| Расстояние, A | Количество атомов |
| 1 | 0 |
| 2 | 2 |
| 3 | 9 |
| 4 | 42 |
| 5 | 67 |
| 6 | 94 |
| 7 | 138 |
Фенилаланин-114 практически закрыт остатками, находящимися на расстоянии не более 5 A. Видимая брешь - выход ядра 1 на поверхность белка.
Минимальное растояние между ковалентно несвязанными между собой атомами в нашем примере - 1-2 A. Значительно увеличивается количество атомов на расстоянии 3-4 A, что можно принять за типичное расстояние для несвязанных ковалентно атомов в гидрофобном ядре.
Ближайшие соседние атомы фениаланина-114 находятся на удалении не более 2 A, ван-дер-ваальсовый радиус кислорода - 1.4 A, следовательно, вода не сможет уместиться между остатками.
ДНК-полимераза eta участвует в реакции репликации ДНК, отличается возможностью осуществлять репликацию на шаблонах повреждённой ДНК, является полимеразой транслезионного синтеза.
В 5KFW находится участнок двуцепочечной ДНК, белок, коферменты (ионы кальция, калия и магния), глицерин, дифосфат и 2-дезоксиаденозин-5-трифосфат. Одна цепь ДНК длиннее другой на два нуклеотида. Белок взаимодействует с большой бороздкой ДНК. Присутствуют водородные связи остова с цепью, стэкинг-взаимодействие триптофана-42 с азотистым основанием.