Фермент гликозил-гидролаза из семейства 13 в базе данных Uniprot

Задание №1

Идентификатор UniProt: Q65MI2_BACLD

Номера доступа: Q65MI2, Q65MI2

Рекомендуемое название: Glycoside Hydrolase Family 13

Идентификаторы PDB: 5BRP, 5BRQ

Идентифекаторы RefSeq: WP_003179746.1, NC_006322.1

Длина: 562 AA

Молекулярная масса в дальтонах: 65733 MW

Комментарии: В поле FT информация только о расположении субъединицы. В PDB-файле 5BRQ присутствуют четыре цепи.

Задание №2

UniRef50_P28904: 5340 белков, полученных из различных организмов (пример: Escherichia coli, Shigella flexneri).

UniRef90_R9TUP7: 17 белков, принадлежащих бактериям Bacillus sp.

UniRef100_A0A1J6H0M0: 4 белка Bacillus licheniformis.

Задание №3

В таблице 1 представлены результаты поисковых запросов.

Поисковой запрос	Количество найденных записей	Из них аннотированно
name:trea	82	0
name:"glycoside hydrolase"	50220	3
name:"glycoside hydrolase family 13"	836	0
name:"glycoside hydrolase family 13" AND organism:"bacillus licheniformis"	5	0
name:"glycoside hydrolase" AND organism:"Bacillus licheniformis"	115	0
name:"glycoside hydrolase family 13" taxonomy:bacillaceae	6	0
name:"glycoside hydrolase" taxonomy:bacillaceae	917	0
name:"glycoside hydrolase family 13" taxonomy:firmicutes	43	0
name:"glycoside hydrolase" taxonomy:firmicutes	6226	0
name:allergen	8916	417
name:allergen taxonomy:fungi	1	0
name:allergen taxonomy:phaeophyceae	1	0
name:trypsin	13241	310
name:trypsin AND name:inhibitor	2962	209

Задание №4

По идентификатору WP_003179746.1 можно найти информацию о типе фермента, его центре связывания иона, каталитическом центре, мальтогенной амилазе на С-конце. NC_006322.1 содержит полный геном Bacillus licheniformis.

Задание №6

UniProt ID: HDAC4_HUMAN
Пост-трансляционная модификация: фосфорилирование серина.

FT   MOD_RES     210    210       Phosphoserine.
FT                                {ECO:0000250|UniProtKB:Q6NZM9}.
FT   MOD_RES     246    246       Phosphoserine; by CaMK4 and SIK1.
FT                                {ECO:0000269|PubMed:10958686}.
FT   MOD_RES     350    350       Phosphoserine.
FT                                {ECO:0000244|PubMed:19690332,
FT                                ECO:0000269|PubMed:22649097}.
FT   MOD_RES     467    467       Phosphoserine; by CaMK4 and SIK1.
FT                                {ECO:0000269|PubMed:10958686}.
FT   MOD_RES     565    565       Phosphoserine.
FT                                {ECO:0000250|UniProtKB:Q6NZM9}.
FT   MOD_RES     632    632       Phosphoserine; by CaMK4.
FT                                {ECO:0000244|PubMed:18669648,
FT                                ECO:0000244|PubMed:23186163,
FT                                ECO:0000244|PubMed:24275569,
FT                                ECO:0000269|PubMed:10958686}.
FT   MOD_RES     633    633       Phosphoserine.
FT                                {ECO:0000244|PubMed:18669648}.

Uniprot ID: FDNG_ECOLI
Нестандартный аминокислотный остаток: селеноцистеин.

FT   NON_STD     196    196       Selenocysteine

Uniprot ID: 108_SOLLC
Дисульфидные связи.

FT   DISULFID     41     77       {ECO:0000250}.
FT   DISULFID     51     66       {ECO:0000250}.
FT   DISULFID     67     92       {ECO:0000250}.
FT   DISULFID     79     99       {ECO:0000250}.