Алгоритмы множественного выравнивания, Pfam

Задание 1

Информация о выбранных для задания белка представлена в таблице 1.

Таблица 1.

Идентификатор белка	Название белка
Q59905.1	Glucan 1,6-alpha-glucosidase
P28904.3	Trehalose-6-phosphate hydrolase
Q08295.1	Oligo-1,6-glucosidase IMA2
P38158.1	Alpha-glucosidase MAL32

Выравнивания Tcoffee, Probcons, Mafft, GLprobs представлены на изображении:

• В выравнивании, сделанном программой Mafft, на 130-й позиции пролин выравнивнен с инделями, тогда как в остальных выравниваниях остаткам асп. кислоты. Остатки асп. кислоты в Mafft выравнивании на 137 позиции противопоставлены остаткам глутаминовой кислоты, а в остальных - инделям. То есть, программы выравниваний по-разному определяют место, где произошёл акт делеции или вставки.
• В выравнивании, сделанном программой Mafft, на 303-й позиции для последовательности P28904 - индель в колонке с серинами и лизином, тогда как остальные выравнивания имеют в этой позиции пролин. То есть данное выравнивание не считает пролин гомологичным остальным остаткам.
• В 306-й позции выравнивания Tcoffee и Probcons идентичны, тогда как выравнивания Mafft (для последовательности Q59905 индель, а не аспартат, для последовательности P28904 - индель, а не глицин, стоят в колонке с остатками фениаланина) и GLprobs отличаются (для последовательностей Q08295 и P38158 индели, а не фенилаланины, стоят в одной колонке с аспартатом и глицином). Иначе говоря, первые два выравнивания считают гомологичными друг другу все четыре остатка, тогда как два последних - только два из четырёх.

Выравнивания Tcoffee, Probcons, как я думаю, более правдоподобны. Выравнивание Mafft имеет наибольшое количество отличий от остальных.

Задание 2

С помощью Pfam была рассмотрена архитектура PAZ, PIWI. Белков, обладающих данной архитектурой, - 538.

PAZ-домен содержится в белках двух семейств, участвующих в сайленсинге генов. Предполагается, что функция этого доменя заключается в регулировании комплекса белков семейств Piwi и Dicer гетеро-димеризацией. Включает два субдомена, один состоит из складки, связвающейся с одноцепочечной последовательности нуклеиновых кислот, второй - из бета-шпильки и альфа-спирали.

PIWI-домен содержится в белках, ответственных за дифференциацию стволовых клеток и участвующий в регуляции процесса деления клеток.

Также домен PIWI присутствует в архитектуре:

Её обладают 975 белков.