Банки нуклетидных последовательностей


Задание №1

Организм - Felis catus, число сборок генома - 2 (2 разных проекта), в одном проекте - один образец ДНК, в другом - 8 организмов разных пород.

Характеристики выбранной сборки:

Характеристика Значение
Assembly GCA_000181335.4
Bioproject PRJNA16726
Biosample ID SAMN02953640
Кошка абиссинской породы
Технология секвенирования PacBio; 454 Titanium; Illumina; Sanger dideoxy sequencing
Покрытие 72x
Число контигов 4909
Число скэффолдов 4525
Самый короткий контиг 1 969
Самый длинный контиг 32 440 764
Таблица контигов Ссылка
N50 (контигов) 41915695
L50 (контигов) 19
Сссылка на последовательность одного из контигов Ссылка

Задание №2

Описание 7 ключей:

Ключ Значение Пример
assembly_gap гэп между двумя компонентами геномной или транскриптомной сборки 
 assembly_gap    6917257..6927256
                     /estimated_length=10000
                       /gap_type="between scaffolds"
(NCBI Reference Sequence: NC_005120.4)
D-loop регион митохондриальной ДНК, где с одной из цепей днк связывается одноцепочечный участок РНК/ДНК 
 D-loop          15693..16553
                /note="control region"

(NCBI Reference Sequence: NC_037050.1)
iDNA intervening DNA, удаляемая в процессе рекомбинации (например, процессинг иммуноглобулинов) 
 iDNA            <1..137
                /note="V-J intervening DNA"
 
(GenBank: AH001968.2)
mobile_element регион генома, содержащий мобильные элементы 
 mobile_element  30940..30955
                /note="38 bp IRchr interrupted by IS4321"
                /mobile_element_type="transposon:chromate resistance
                transposon"

(GenBank: MG516910.1)
primer_bind сайт нековалентного связывания праймера (инициация репликации, транскрипции, обратной транскрипции) 
primer_bind     402..419
                /standard_name="intracisternal A particle IAP-Agt"
                /note="complementary to 3' end of tRNA-Phe required for
                priming of (-) strand synthesis"

(GenBank: AH001851.2)
oriT ориджин переноса ДНК при бактериальной конъюгации или мобилизации 
oriT            33644..33714
                /note="putative origin of transfer"

(GenBank: MF156268.1)
protein_bind сайт нековалентного связывания белка 
 protein_bind 1832..1843
                /note="putative half-iteron of oriV-beta"
                /bound_moiety="pi replication initiation protein"

Задание №3



100,000 Genomes Project - проект компании Genomics England, которым владеет министерство здравоохранения Великобритании.
Цель проекта - секвенировать 100 000 геномов пациентов национальной службы здравоохранения, больных редкими заболеваниями, членов их семей и пациентов, больных раком. Это поможет улучшить диагностику таких заболеваний и предложить современные программы лечения.
Проект был анонсирован премьер-министром Великобритании в 2012 году. Компания была основана в 2013 году, в 2015 к проекту присоединились Северная Ирландия и Шотландия.
На 20 февраля 2018 года секвенировано 50 065 геномов.
BBC NEWS сообщает о пациентах, продиагностированных в рамках проекта.
Сайт проекта.
Статьи на PubMed:

Задание №4

Для задания был выбран таксон: семейство Felis. По запросу "((Felis [Organism]) AND complete[Title]) AND mitochondrion" к Nucleotide - 20 находок. Выбранный организм - Felis catus.

котик

Felis catus, порода - абиссинская кошка, как у обладателя секвинированного генома - кошки Корицы.

Характеристики выбранной сборки:

Характеристика Значение
AC выбранной записи NC_001700
Число п.н. в митохондриальном геноме 17009
Число генов белков 13
Число генов РНК 24

© Сурикова Елена 2016