Поиск по сходству, нуклеотидный бласт


Задание №1

Отредактированная последовательность из практикума 6.

Для идентификации последовательности был использован алгоритм megablast программы BLAST. На изображении ниже выдача программы.

Выравнивание с геном Ophiopholis aculeata , кодирующим субъединицу 1 цитохромоксидазы.


Последовательность совпадает с последовательностями гена Ophiopholis aculeata с 99% идентичностью, на основании этого можно предположить, что последовательность принадлежит этому гену этого оранизма или организму рода Ophiopholis.

Таксономическое положение Ophiopholis aculeata :

Kingdom:	Animalia
 Phylum:	Echinodermata
 Class:	        Ophiuroidea
 Order:	        Ophiurida
 Family:	Ophiactidae
 Genus:	        Ophiopholis
Species:	O. aculeata

Роду принадлежат 8 организмов. Для того, чтобы выяснить, насколько гены, кодирующие субъединицу 1 цитохромоксидазы, отличаются в пределах рода, были выравнены последовательности этих генов. Запрос в NCBI Nucleotide "(Ophiopholis[Organism]) AND cytochrome oxidase subunit " и выравнивание Tcoffee в программе Jalview. Результат на изображении ниже.

Гены на интересующем нас участке (54-672) отличаются значительнее, чем наша последовательность и ген предпалагемого организма, т. о. мы можем предположить, что таксон мы установили с точностью до вида.

Задание №2

Сравним находки, сделанные с помощью разных алгоритмов BLAST.

Megablast - 79 находок.


Discontiguous megablast - 356 находок.


Blastn - 356 находок.


Задание №3

Задания сделаны. Ответ в гугл-форме.


© Сурикова Елена 2016