Отредактированная последовательность из практикума 6.
Для идентификации последовательности был использован алгоритм megablast программы BLAST. На изображении ниже выдача программы.
Выравнивание с геном Ophiopholis aculeata , кодирующим субъединицу 1 цитохромоксидазы.
Последовательность совпадает с последовательностями гена Ophiopholis aculeata с 99% идентичностью, на основании этого можно предположить, что последовательность принадлежит этому гену этого оранизма или организму рода Ophiopholis.
Таксономическое положение Ophiopholis aculeata :
Kingdom: Animalia Phylum: Echinodermata Class: Ophiuroidea Order: Ophiurida Family: Ophiactidae Genus: Ophiopholis Species: O. aculeata
Роду принадлежат 8 организмов. Для того, чтобы выяснить, насколько гены, кодирующие субъединицу 1 цитохромоксидазы, отличаются в пределах рода, были выравнены последовательности этих генов. Запрос в NCBI Nucleotide "(Ophiopholis[Organism]) AND cytochrome oxidase subunit " и выравнивание Tcoffee в программе Jalview. Результат на изображении ниже.
Гены на интересующем нас участке (54-672) отличаются значительнее, чем наша последовательность и ген предпалагемого организма, т. о. мы можем предположить, что таксон мы установили с точностью до вида.
Megablast - 79 находок.
Discontiguous megablast - 356 находок.
Blastn - 356 находок.
Задания сделаны. Ответ в гугл-форме.