Собрать несколько fasta-файлов в один.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ seqret Read and write (return) sequences Input (gapped) sequence(s): AAC748**.*.fasta output sequence(s) [3_cds_aac74885.fasta]: 1task.fasta
Входные данные: первая последовательность, вторая последовательность, третья последовательность.
Результат: соединённые последовательности.
Также seqret может принимать на вход запись в базе данных (например, seqret "tembl:ab*" aball.seq - записать последовательности, начинающиеся с "ab", в файл aball.seq), выдать обратную комплиментарную последовательность (seqret -srev), выделить определённые позиции (seqret -sbegin 5 -send 25), записать файл не в fasta-формате (seqret -outseq gcg::x65923.gcg), перевести выравнивания из одного формата в другой (seqret alignment.fasta aln::alignment.aln).
Разделить один fasta-файл на несколько по последовательностям.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ seqretsplit Read sequences and write them to individual files Input (gapped) sequence(s): ../to_split/coding2.fasta output sequence(s) [3_cds_aac73124.fasta]:
Входные данные: последовательность.
Pезультат: последовательности.
Из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ seqret @coordinates.txt 3task.fasta Read and write (return) sequences
Входные данные: мтДНК Felis Catus, файл, содержащий координаты.
Результат: последовательность, обрезанная по нужным координатам.
Транслировать последовательность.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ transeq coding.fasta -table 11 -outseq 4task.fasta Translate nucleic acid sequences
Входные данные: нуклеиновая последовательность.
Результат: последовательность аминокислот.
Использование последующих функций меняет таблицу генетического года или фрейм, с которого производится чтение.
-frame menu [1] Frame(s) to translate (Values: 1 (1); 2
(2); 3 (3); F (Forward three frames); -1
(-1); -2 (-2); -3 (-3); R (Reverse three
frames); 6 (All six frames))
-table menu [0] Code to use (Values: 0 (Standard); 1
(Standard (with alternative initiation
codons)); 2 (Vertebrate Mitochondrial); 3
(Yeast Mitochondrial); 4 (Mold, Protozoan,
Coelenterate Mitochondrial and
Mycoplasma/Spiroplasma); 5 (Invertebrate
Mitochondrial); 6 (Ciliate Macronuclear and
Dasycladacean); 9 (Echinoderm
Mitochondrial); 10 (Euplotid Nuclear); 11
(Bacterial); 12 (Alternative Yeast Nuclear);
13 (Ascidian Mitochondrial); 14 (Flatworm
Mitochondrial); 15 (Blepharisma
Macronuclear); 16 (Chlorophycean
Mitochondrial); 21 (Trematode
Mitochondrial); 22 (Scenedesmus obliquus);
23 (Thraustochytrium Mitochondrial))
Транслироваь последовательность в шести фреймах.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ transeq coding.fasta -frame 6 -table 11 -outseq 5task.fasta Translate nucleic acid sequences
Входные данные: нуклеиновая последовательность.
Результат: шесть последовательностей аминокислот.
Перевести выравнивание из fasta-формата в .msf.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ seqret protein_alignment.fasta msf::protein_aligment.msf Read and write (return) sequences
Входные данные: fasta-выравнивание.
Результат: msf-выравнивание.
Выдать в файл число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ infoalign -refseq 2 -only -name -idcount protein_alignment.fasta 7task.txt Display basic information about a multiple sequence alignment
Входные данные: fasta-выравнивание.
Результат: информация о выравнивании.
Некоторые другие возможные параметры infoalign ниже.
-name boolean [@(!$(only))] Display 'name' column
-seqlength boolean [@(!$(only))] Display 'seqlength' column
-alignlength boolean [@(!$(only))] Display 'alignlength' column
-gaps boolean [@(!$(only))] Display number of gaps
-gapcount boolean [@(!$(only))] Display number of gap
positions
-idcount boolean [@(!$(only))] Display number of identical
positions
-simcount boolean [@(!$(only))] Display number of similar
positions
-diffcount boolean [@(!$(only))] Display number of different
positions
-change boolean [@(!$(only))] Display % number of changed
positions
-weight boolean [@(!$(only))] Display 'weight' column
-matrix matrix [EBLOSUM62 for protein, EDNAFULL for DNA]
This is the scoring matrix file used when
comparing sequences. By default it is the
file 'EBLOSUM62' (for proteins) or the file
'EDNAFULL' (for nucleic sequences). These
files are found in the 'data' directory of
the EMBOSS installation.
-refseq string [0] If you give the number in the alignment
or the name of a sequence, it will be taken
to be the reference sequence. The reference
sequence is the one against which all the
other sequences are compared. If this is set
to 0 then the consensus sequence will be
used as the reference sequence. By default
the consensus sequence is used as the
reference sequence. (Any string is accepted)
Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ featcopy catmt.gb 8task.gff Read and write a feature table
Входные данные: мтДНК Корицы.
Результат: аннотации особенностей в gff-формате.
Из gb-файла получить fasta-файл с кодирующими последовательностями.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ extractfeat -type CDS catmt.gb 9task.fasta Extract features from sequence(s)
Входные данные: мтДНК Корицы.
Результат: кодирующие последовательности в fasta-формате.
Перемешать буквы в последовательности.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ shuffleseq coding.fasta 10task.fasta Shuffle a set of sequences maintaining composition
Входные данные: последовательность.
Результат: перемешанная последовательность.
Найти частоты кодонов в последовательностях.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ cusp 1task.fasta 13task.txt Create a codon usage table from nucleotide sequence(s)
Входные данные: последовательности.
Результат: информация о частоте кодонов.
Выровнять кодирующие последовательности соответственно выравниванию белков - их продуктов.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ tranalign 15task_2.fasta 15task_1.fasta Generate an alignment of nucleic coding regions from aligned proteins (aligned) nucleotide output sequence set [1_cds_acm26282.fasta]: 15task.fasta
Входные данные: нулеотидные последовательности, белковое выравнивание.
Результат: выравнивание нуклеотидных последовательностей.
Построить локальное множественное выравнивание трех нуклеотидных последовательностей.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ edialign 16task_1.fasta Local multiple alignment of sequences Output file [16task_1.edialign]: 16task.fasta (gapped) output sequence(s) [16task_1.fasta]: 16task.fasta
Входные данные: нулеотидные последовательности.
Результат: локальное выравнивание нуклеотидных последовательностей.
Удалите символы гэпов и другие посторонние символы из последовательности.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ degapseq alignment.fasta 17task.fasta Remove non-alphabetic (e.g. gap) characters from sequences
Входные данные: последовательности..
Результат: отредактированные последовательности.
Перевести символы конца строки в формат unix.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ noreturn 17.txt 18.txt Remove carriage return from ASCII files
Входные данные: текстовой файл..
Результат: текстовой файл без символов возврата каретки.
Создать три случайных нуклеотидных последовательностей длины сто.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ makenucseq -amount 3 -length 100 19task.fasta Create random nucleotide sequences Codon usage file (optional):
Результат: три рандомных последовательности длины 100.
Файл с ридами sra_data.fastq в формате fastq перевести в формат fasta.
esurikova@kodomo:~/public_html/term3/pr9$ seqret sra_data.fastq fasta::sra_data.fasta Read and write (return) sequences
Входные данные: файл с ридами.
Результат: риды в формате фаста.