Укоренение и бутстрэп

Выбранные бактерии

Названия	Мнемотика
Rhizobium etli	RHIEC
Rhodobacter sphaeroides	RHOS4
Neisseria meningitidis	NEIMA
Enterobacter sp. 638	ENT38
Escherichia coli	ECOLI
Salmonella typhimurium	SALTY
Yersinia pestis	YERPE
Haemophilus influenzae	HAEIN
Proteus mirabilis	PROMH
Bacillus subtilis	BACSU

Укоренение

К файлу с последовательностями фактора элонгации трансляции Ts выбранных бактерий из практикумов 1-2 был была добавлена последовательность того же белка сенной палочки.

Выравнивание последовательностей было импортировано в программу MEGA, где было построено дерево алгоритмом максимальной экономии. После дерево было укоренено (Subtree-Root-выбор ветви, ведущей к BASCU).

При желании можно скрыть BASCU, нужно воспользовавться кнопкой "Show Subtree Separately" (изображение голубой лупы на фоне дерева на левой панели окна MEGA).

Сравнение деревьев

Дерево	Реконструированное дерево, укорененное с использованием внешней группы

Бутстрэп

Дерево было построено алгоритмом максимальной экономии с параметрами "Test of phylogeny" - "Bootstrap method", "No. of bootstrap replications" - "100".

Сравнение деревьев

Оригинальное дерево	Консенсусное дерево

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Были добыты последовательности 16S рибосомальной РНК каждой из бактерий из базы полных геномов NCBI (выбирается штамм организма, внутри его папки - файл с расширением .frn, там все РНК).

На основе выравнивания последовательностей программой MEGA алгоритмом максимального сходства было построено дерево.

Сравнение деревьев

Реконструированное по белку дерево	Реконструированное по РНК дерево

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

С помощью команды cat имя_источника >> имя_получателя протеомы бактерий были записаны в единый файл.

Была создана база для BLAST:

makeblastdb -in proteomes.fasta -out proteomes_db.fasta -dbtype prot

Был проведён поиск гомологов blastp:

blastp -query CLPX_ECOLI.fasta -db proteomes_db.fasta -evalue 0.001 -out res.out

Полученный файл res.out.

Находки были скачены и выровнены:

muscle -in pr3.fasta -out pr3align.fasta

В программе MEGA методом UPGMA построено дерево, представленное на изображении ниже.

Примеры паралогов: CLPX SALTY и HSLU SALTY; Q0WBE7 YERPE, HSLU YERPE и CLPX YERPE, Q8KKT3 RHIEC и Q2K4M2 RHIEC.

Примеры ортологов: CLPX SALTY, CLPX ENT38, CLPX YERPE, CLPX PROMH, CLPX HAEIN, CLPX NEIMA, CLPX RHIEC и CLPX RHOS4; HSLU RHOS4, HSLU RHIEC, HSLU HAEIN, HSLU PROMH, HSLU YERPE, HSLU ENT38, HSLU ECOLI и HSLU SALTY.

Дупликация произошла при повялении ветвей с CLPX- и HSLU-белками.