Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG

Общие сведения о биосинтезе лизина

Известно шесть путей биосинтеза лизина, объединённые в две группы: диаминопомилат(DAP)-пути и L-2-аминоадипат-пути.

• В четырёх DAP-путях лизин синитезируется из аспартата (или метионина, треонина, изолейцина). Общими для этих путей является синтез (S)-2,3,4,5-тетрагидродипиколината из L-аспартата в четыре шага и последний шаг - превращение интермедиата мезо-диаминопипелата в лизин. Мезо-диаминопимелат не только реагент этой реакции, он также входит в состав клеточной стенки организмов, синтезирующих лизин этими путями
• В друг других - L-2-аминоадипат - путях начальный продукты синтеза - 2-оксоглютарат и ацетил-КоА. Общие шаги для обоих путей этой группы - синтез L-2-аминоадипата, далее они расходятся. Эти пути встречаются у орагинизмов, у которых мезо-диаминопимелат не является частью клеточной стенки.

Большинство бактерий синтезирует лизин только одним из пересчиленных способов. Млекопитающие не спосоны синтезировать лизин.

Ниже метаболическая карта биосинтеза лизина из базы данных KEGG (идентификатор: map00300), зелёным обведены пути, с которыми связан данный путь, закрашены кружочки веществ, через которые осуществляется эта связь, синим - реакция, описанная в последнем задании.

Отредактированная карта map00300.

Пример биоисинтеза лизина в археях.

Организм: Methanocaldococcus fervens. Таксономия: cellular organisms; Archaea; Euryarchaeota; Methanococci; Methanococcales; Methanocaldococcaceae; Methanocaldococcus.

Метаболитическая карта биосинтеза лизина в Methanocaldococcus fervens.

Есть все ферменты для пути сукцинил-DAP кроме сукцинил-КоА:2,3,4,5-тетрагидропиридин-2,6-дикарбоксилат N-сукцинилтрансферазы.

Пример биоисинтеза лизина в эукариотах.

Организм: Chondrus crispus (ирландский/жемчужный мох). Таксономия: cellular organisms; Eukaryota; Rhodophyta; Florideophyceae; Rhodymeniophycidae; Gigartinales; Gigartinaceae; Chondrus.

Метаболитическая карта биосинтеза лизина в Chondrus crispus.

Не хватает нескольких ферментов, сложно сказать, по какому из DAP-путей идёт синтез.

Реакция образования L-2-аминоадипат-6-полуальдегида из альфа-аминоадипоил-S-ацил энзима в базе данных KEGG