Геномное окружение. База данных GO

Получение информации о КОГе

Мой белок - глюкогидролаза Bacillus amyloliquefaciens (идентификатор GenBank: ALV04058.1).

• Идентификатор КОГа: COG0366.
• E-value отнесения белка к КОГу: 5.65e-168.
• Кол-во остатков в белке: 1688.
• Местонахождение КОГа: 34-1581 а.о.
• Название КОГа на английском языке: Glycosidase.
• Функциональная категория КОГа на английском языке: Carbohydrate transport and metabolism.
• Название КОГа на русском языке: Глюкозидаза.
• Функциональная категория КОГа на русском языке: Углеводный транспорт и метаболизм.

Визуализация геномного окружения

Поиск произведён программой COGNAT (COmparative Gene Neighborhood Analysis Tool) с параметрами, представленными ниже:

• Search for COG or Pfam Identifier: COG0366.
• Neighborhood Size: 9.
• Occurrence Threshold (%): 10.
• Taxonomy: нет.

Результаты представлены на изображениях ниже:

Оба выявленных соседа нашего КОГа участвуют в метаблизме углеводов, но не состоят в едином комплексе с ним.

Отнесение глюкогидролазы из Bacillus amyloliquefaciens к терминам GO

Был осуществлён поиск с помощью AmiGO: BLAST, наиболее схожий белок из БД - альфа,альфа-фосфотрегалоза Bacillus anthracis str. Ames (BA_0632, идентификатор Uniprot - Q81V68). Идентичность находки - 61%, p-value - 6.2e-195. Белок не тот, но несколько похож. Ниже представлены сведения об этом белке, приведённые в базе the Gene Ontology.

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q81V68 (Q81V68_BACAN)

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Биологический процесс	GO:0005993	trehalose catabolic process	трегалозная катаболическая активность	ISS
Молекулярная функция	GO:0008788	alpha,alpha-phosphotrehalase activity	альфа,альфа-фосфотрегалозная активность	ISS

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.