Сигналы, мотивы, PWM

Информация о белках

• Бактерия: Shigella boydii
• Кол-во аннотированных записей с ключевым словом "Purine biosynthesis" в Uniprot: 17
• Выбранный штамм: Shigella boydii serotype 18 (strain CDC 3083-94 / BS512)
• Мнемоника выбранного штамма: SHIB3
• AC записи EMBL, описывающей геном бактерии: CP001063

Запись	Имя записи	Имя белка	Имя гена	Координаты гена	Координаты Upstream-региона из 100 нуклеотидов
B2U494	PURT_SHIB3	Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	purT SbBS512_E2124	1931693..1932871	1931592..1931692
B2TY52	PURA_SHIB3	Adenylosuccinate synthetase, AMPSase, AdS	purA SbBS512_E4708	4400237..4401535	4400136..4400236
B2TTB0	FOLD_SHIB3	Bifunctional protein FolD	folD SbBS512_E0445	434923..435789	434822..434922
B2TXT2	GUAA_SHIB3	GMP synthase	guaA SbBS512_E2882	complement(2680405..2681982)	complement(2681983..2682083)
B2TWJ3	PUR9_SHIB3	Bifunctional purine biosynthesis protein PurH	purH SbBS512_E4498	complement(4206779..4208368)	complement(4208369..4208469)
B2U2G3	PURR_SHIB3	HTH-type transcriptional repressor PurR	purR SbBS512_E1857	1699013..1700038	1698912..1699012
B2TXS4	PUR5_SHIB3	Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase	purM SbBS512_E2873	2670921..2671958	2670820..2670920
B2TXQ2	PUR7_SHIB3	Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase	purC SbBS512_E2848	complement(2645378..2646091)	complement(2646092..2646192)

Получение последовательностей

Последовательности вырезаны и соединены:

 seqret CP001063.fasta -sbeg 1931592 -send 1931692 -outseq 1.fasta

 seqret CP001063.fasta[4208369:4208469:r]  -outseq 5.fasta

 seqret "*.fasta" 100upstream.fasta

Поиск мотива

Поиск трёх мотивов на обеих цепях:

 ememe -nmotifs 3 -revcomp 100upstream.fasta

Результаты предсталвены ниже:

Первый мотив Размер = 24 Кол-во последовательностей с мотивом = 7 Информационное содержание = 23.8 bits Логарифмическое отношение провдоподобия = 115 E-value = 1.9e+000
Второй мотив Размер = 13 Кол-во последовательностей с мотивом = 7 Информационное содержание = 15.4 bits Логарифмическое отношение провдоподобия = 76 E-value = 8.7e+002
Третий мотив Размер = 8 Кол-во последовательностей с мотивом = 2 Информационное содержание = 16.0 bits Логарифмическое отношение провдоподобия = 23 E-value = 8.2e+003

Первый два мотива присутствуют в 7 из 8 последовательностей, тогда как тетий - всего в 2. Ни одна из находок не удовляетворяет критерию: e-value < 0.001. Т.о. результаты не надёжны.