Изучение файла структурных факторов

Общие сведения о структуре

Выбрана структура белка альфа-амилазы Bacillus amyloliquefaciens, производящей эндогидролиз (1->4)-альфа-D-гликозидной связи в полисахаридах, содержащий три или более остатка, соединённых такими свзязями. Длина фермента - 483 аминокислотных остатков, теоретический вес - 54.9 KDa. Структура была получена для изучения температурной стабильности ферментов такого типа. Финальная структура содержит две молекулы белка, что авторы статьи рассматривают как артефакт кристаллизации, ионы кальция и натрия.

Файл структурных факторов

Со страницы белка в PBDe был скачен файл структурных факторов, после экспорта в libreoffice и удаления ненужных данных информация в нём организована так: (h - k - l - status - F - F_sigma), где:

В файле 196849 структурных факторов. Для каждого была вычислена сила сигнала как отношение среднего значения измерений структурного фактора к ср. кв. отклонением от среднего (F/F_sigma) и добавлена в таблицу.

Количество "хороших" структурных факторов

Условно, измерение структурного фактора считается хорошим, если его сила сигнала больше или равна трём. Количество хороших факторов в файле - 169602, что составляет 86,16% ото всех структурных факторов файла.

Количество структурных факторов, использовывшихся для оптимизации

Количество структурных факторов, использовавшихся для оптимизации - 177301, что составляет 90,1% от общего числа структурных факторов в файле.

Пропущенные структурные факторы

Считаем тройку пропущенной, если ее нет среди измеренных структурных факторов, но есть измеренный структурный фактор (h',k',l') с h'≥h, k'≥k, l'≥l.

В отличие от многих других файлов структурных факторов в этом отсутвует информация о пропущенный тройках, то есть нет строк со статусом "x", что усложняет поиск пропущенных троек, кроме начальных.

Таблица 1. Пять примеров пропущенных структурных факторов.

hkl
400
500
1100
210
3 1 0

Ссылка на итоговый файл с расчётами.



© Сурикова Елена 2020