Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

 

На главную страницу второго семестра

 

Это фрагмент множественного выравнивания последовательностей FCTA_ECOLI и его гомологов, полученного из SMART. Изучается участок последовательности домена CoA_transf. Как видно из данного множественного выравнивания, этот участок достаточно консервативен (однако не стопроцентно).

 
                                                                                                                                                                                                   
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0          
Y S 7 4 _ C A E E L   :   K Q L D L K N P E D I K K V R D L C Q T S D V L L D P Y R P G T L E K M G L D P S T L W N N N K G L I I C K I S G Y G Q T G R M S Q E T G H D I N Y V A L S G M   :   8 0
A M A C R _ R A T _   :   L A L D L K R S P G A A V L R R M C A R A D V L L E P F R C G V M E K L Q L G P E T L R Q D N P K L I Y A R L S G F G Q S G I F S K V A G H D I N Y V A L S G V   :   8 0
Y F D E _ E C O L I   :   V V L D L K N D H D K S I F I N M L K Q A D V L A E N F R P G T M E K L G F S W E T L Q E I N P R L I Y A S S S G F G H T G P L K D A P A Y D T I I Q A M S G I   :   8 0
F C T A _ O X A F O   :   I E L D M K T P E G K E L L E Q M I K K A D V M V E N F G P G A L D R M G F T W E Y I Q E L N P R V I L A S V K G Y A E G H A N E H L K V Y E N V A Q C S G G A   :   8 0
F C T A _ S H I F L   :   I E L N T K T A E G K E V M E K L I R E A D I L V E N F H P G A I D H M G F T W E H I Q E I N P R L I F G S I K G F D E C S P Y V N V K A Y E N V A Q A A G G A   :   8 0
                              L 1   K                     6         D 6 6       5     G   6     6             6       N     6 I           G 5                                         G            
 

Это фрагмент выравнивания тех же последовательностей, построенного в программе ClustalW. Оранжевым цветом выделен фрагмент, выбранный из выравнивания из БД SMART в качестве образца. Можно заметить, что это выравнивание в точности (100%) совпадает с предыдущим. Как можно заметить, мы могли бы выбрать и более протяженный участок с сохранением того же соотношения, хотя собственно данный участок последовательности не является очень консервативным, о чем можно судить по первому рисунку, на котором отмечены консервативные позиции. Однако в данном случае, видимо, другие толкования этих участков затруднительны, и, хотя ClustalW не всегда обеспечивает выравнивание, сходное с образцовым (хотя бы потому, что выравнивание из SMART - это выравнивание одного домена), в данном конкретном случае мы именно это и наблюдаем.

 
                                                                                                                                                                                                       
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0              
Y S 7 4 _ C A E E L   :   - - - - - M Y R F L S G I K V V E I A G L A P V P H C G M M L A D F G A D V T V I D K K - - - - - - - - - - - - - - - - N P A I E Q R L N R G K T M K Q L D L K N   :     6 0
A M A C R _ R A T     :   - - - - - - - - A L R G V R V L E L A G L A P G P F C G M I L A D F G A E V V L V D R L G - - - - - - - - - - - - - - - S V N H P S H L A R G K R S L A L D L K R   :     5 8
Y F D E _ E C O L I   :   M T N N E S K G P F E G L L V I D M T H V L N G P F G T Q L L C N M G A R V I K V E P P G H G D D T R T F G - P Y V D G Q S L Y Y S F I N H G K E S V V L D L K N   :     8 0
F C T A _ O X A F O   :   - - - - - - T K P L D G I N V L D F T H V Q A G P A C T Q M M G F L G A N V I K I E R R G S G D M T R G W L Q D K P N V D S L Y F T M F N C N K R S I E L D M K T   :     7 5
F C T A _ S H I F L   :   - - - - - M S T P L Q G I K V L D F T G V Q S G P S C T Q M L A W F G A D V I K I E R P G V G D V T R H Q L R D I P D I D A L Y F T M L N S N K R S I E L N T K T   :     7 6
                                                G 6   V 6         6       P         6 6       G A   V     6                                                             K         L 1   K              
                                                                                                                                                                                                       
                                          *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                
Y S 7 4 _ C A E E L   :   P E D I K K V R D L C Q T S D V L L D P Y R P G T L E K M G L D P S T L W N N N K G L I I C K I S G Y G Q T G R M S Q E T G H D I N Y V A L S G M L P T F S G V N   :   1 4 1
A M A C R _ R A T     :   S P G A A V L R R M C A R A D V L L E P F R C G V M E K L Q L G P E T L R Q D N P K L I Y A R L S G F G Q S G I F S K V A G H D I N Y V A L S G V L S K I G - R S   :   1 3 8
Y F D E _ E C O L I   :   D H D K S I F I N M L K Q A D V L A E N F R P G T M E K L G F S W E T L Q E I N P R L I Y A S S S G F G H T G P L K D A P A Y D T I I Q A M S G I M M E T G Y P D   :   1 6 1
F C T A _ O X A F O   :   P E G K E L L E Q M I K K A D V M V E N F G P G A L D R M G F T W E Y I Q E L N P R V I L A S V K G Y A E G H A N E H L K V Y E N V A Q C S G G A A A T T G F W D   :   1 5 6
F C T A _ S H I F L   :   A E G K E V M E K L I R E A D I L V E N F H P G A I D H M G F T W E H I Q E I N P R L I F G S I K G F D E C S P Y V N V K A Y E N V A Q A A G G A A S T T G F W D   :   1 5 7
                                            6         D 6 6       5     G   6     6             6       N     6 I           G 5                                         G                              

©Петрова Ирина