Исследование белок-нуклеиновых контактов

Таблица. Контакты разного типа в комплексе PHOB

	Полярные	Гидрофобные	Всего
Контакты белка с ...
... остатками 2'-дезоксирибозы	Arg200A; Arg219A; Arg219B-4	Gly220A; Pro157A; Val190A; Pro157B; Gly156B; Val190B-11	15
... остатками фосфорной кислоты	Thr158A; His198A; Arg200A; Arg203A; Arg176A; Thr217A; Arg219A; Arg193A; Glu191A; Thr158B; His198B; Glu191B; Arg200B; Arg193B; Arg176B; Arg203B; -17	-	17
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	Arg201A Arg201B -2	Val197A; Leu206B; Gly220B -11	13
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	Arg219A Arg219B -2	-	2

Главную роль в образовании структуры играют полярные контакты с фосфатами остова. Данные результаты были получены применением к исследуемому файлу следующего скрипта.

script P:\y05\Term3\dna.def 
select  all
color grey 
select *.O?*  
color white 
select within (3.5, *.O?*) and polar
color red
pause
select  all
color grey 
select *.O?*  
color white 
select within (3.5, *.O?P) and polar
color red
pause
select  all
color grey 
select (oxygen,nitrogen) and mjg 
color white 
select within (3.5, (oxygen,nitrogen) and mjg) and polar
color red
pause
select  all
color grey 
select (oxygen,nitrogen) and mig  
color white 
select within (3.5, (oxygen,nitrogen) and mig) and polar
color red
pause
select  all
color grey 
select *.C?*  
color white 
select within (4.5, *.C?*) and hydrophobic
color cyan
pause
pause
select  all
color grey 
select carbon and mjg  
color white 
select within (4.5, carbon and mjg) and hydrophobic
color cyan
pause
pause
select  all
color grey 
select carbon and mig 
color white 
select within (4.5, carbon and mig) and hydrophobic
color cyan

По-видимому, специфическими являются взаимодействия между белком и основаниями ДНК, потому что они позволяют узнавать определенный участок нуклеиновой кислоты. С этой точки зрения было рассмотрено взаимодействиие с ДНК аргинина 201. Это полярное взаимодействие.

Изображение было получено с помощью следующего скрипта.

select all
wirefame
restrict within (3.5, arg201) or dna
select within(3.5, arg201) 
cpk 100
select arg201 and carbon
color grey
select arg 201 and nitrogen
color cyan
select dna
color cpk

По данным Pfam данный белок является регулятором транскрипции фосфатного регулона. ДНК-связывающий домен данного семейства, как правило, (данный случай не исключение) связан с доменом, ответственным за обратную связь, что логично. По данным Pfam исследованнй мной остаток является не очень консервативным - сохраняется примерно в 50% случаев. Выравнивание не привожу из-за его громоздкости.

Построение схемы контактов белка с ДНК

Здесь можно увидеть ДНК-белковые контакты, найденные программой nucplot. Сразу можно сделать вывод, что поиск в Rasmol более эффективен - были найдены не только эти контакты, но и другие сомневаться в которых не приходится.