Карта Рамачандрана

На всякий случай: 1WPV.pdb.

Определение торсионных углов φ, ψ и ω у десятого аминокислотного остатка HutP_BACSU (PDB ID: 1WPV)

Таблица. Измерение торсионных углов остатка GLY10 в белке HutP_BACSU, цепь А.

Название двугранного угла Угол определяется по координатам атомов (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках – название атома) Данный угол описывает поворот вокруг связи Результат измерения с помощью RasMol
φ
  1. ILE9:A.C (карбонильный атом углерода 9-го остатка цепи А)
  2. GLY10:A.N (атом азота 10-го остатка цепи А)
  3. GLY10:A.CA (атом альфа-углерода 10-го остатка цепи A)
  4. GLY10:A.C (карбонильный атом углерода 10-го остатка цепи A)
Ni - Calphai -64.36°
ψ
  1. GLY10:A.N (атом азота 10-го остатка цепи А)
  2. GLY10:A.CA (атом альфа-углерода 10-го остатка цепи A)
  3. GLY10:A.С (карбонильный атом углерода 10-го остатка цепи A)
  4. ARG11:A.N (атом азота 11-го остатка цепи A)
 Calphai - C'i -54.64°
ω
  1. GLY10:A.CA (атом альфа-углерода 10-го остатка цепи A)
  2. GLY10:A.C (карбонильный атом углерода 10-го остатка цепи A)
  3. ARG11:A.N (атом азота 11-го остатка цепи А)
  4. ARG11:A.CA (атом альфа-углерода 11-го остатка цепи A)
 C'i - Ni+1 179.28°

Как происходило измерение:

Получение изображения, иллюстрирующего определение угла φ

На картинке:

  • на белом фоне изображены 4 атома, координаты которых были использованы при вычислении угла φ
  • фрагмент отображен в шарнирной модели (наложение шариковой модели размера 140 и проволочной модели размера 65)
  • подписи содержат название остатка, номер позиции и имя атома
  • 2-й и 3-й атомы спроецированы в одну точку, получившийся угол равен торсионному углу
  • атомы раскрашены в соответствии со стандартной раскраской по атомам

И вот используемый скрипт: exercise12.spt.

Карты Рамачандрана для множеств аминокислотных остатков

Используя команду save phipsi <имя файла> в RasMol сохранила текстовые файлы с углами для указанных множеств:

Карты построила с помощью Excel, все на одном листе рабочей книги, в одном стиле. Вот как.

Всего 2 диаграммы.

Первая – данные для множеств (а), (b) и (с).

Комментарии.

Значения углов сконцентрированы в области отрицательных значений угла φ. В основном они располагаются в интервалах φ(-80;-50), ψ(-55;-15) и φ(-150;-115), ψ(110;170). Значениям углов для пролина соответствует ось φ и ее окрестность с φ(-90;-60). Значения углов для глицина довольно разнообразны, зато примерно половина из них соответствуют положительным значениям φ, в отличие от углов для других аминокислотных остатков.

Вторая – данные для множеств (a), (d) и (e).

Комментарии.

Прежде всего заметно, что аминокислотных остатков в альфа-спиралях белка почти в два раза больше, чем в бета-листах. Значения углов снова сконцентрированы в области отрицательных значений угла φ. В основном для остатков альфа-спиралей они располагаются в интервалах φ(-95;-45), ψ(-60;5), а для бета-листов - в интервалах φ(-175;-110), ψ(120;170).

© Eugenia Prokhorova 2011