Филогенетические деревья

Отобранные бактерии

Из предложенного списка бактерий отдела Firmicutes слуйчайно выбраны следующие 7:

Название	Мнемоника
Bacillus subtilis	BACSU
Clostridium tetani	CLOTE
Geobacillus kaustophilus	GEOKA
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Lactococcus lactis	LACLM
Listeria monocytogenes	LISMO
Staphylococcus aureus	STAA1

Скобочная формула дерева

(CLOTE, ((LACAC, LACLM), (((BACSU, GEOKA), LISMO), STAA1)));

Изображение дерева

Создаю файл со скобочной формулой (расширение .tre) и открываю его программой MEGA.

Ветви дерева

Ветвь называется нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

Дерево содержит четыре нетривиальные ветви:

1) {LACAC, LACLM} против {CLOTE, BACSU, GEOKA, LISMO, STAA1}

2) {BACSU, GEOKA} против {CLOTE, LACAC, LACLM, LISMO, STAA1}

3) {BACSU, GEOKA, LISMO} против {CLOTE, LACAC, LACLM, STAA1}

4) {BACSU, GEOKA, LISMO, STAA1} против {CLOTE, LACAC, LACLM}