ЯМР. Биологические единицы

Запись PDB, полученная методом ЯМР

На сайте PDB выбрала структуру 2RUK, решённую методом NMR в 2014 году. Запись PDB содержит 20 моделей и две белковые цепи из 22 и 110 остатков. Модели отличаются в основном положениями концевых участков, хотя и молекулы в целом, находясь в растворе, тоже довольно подвижны.

Структура представляет собой комплекс между доменом p53 и доменом p62.

В первой модели среди остатков домена p62 нашла аргинин, образующий водородные связи с глутаматом и аспартатом (рис. 1, 2).

                

          Рис. 1. Модель 1, общий вид.                                            Рис. 2. Модель 1.

Положения этих остатков, особенно глутамата, в других моделях варьируют. В 7 из представленных 20 моделей наблюдается отсутствие взаимодействий между аргинином и глутаматом (показано на примере моделей 6 и 10 на рис. 3 и 4, соответственно), однако взаимодействия аргинина с аспартатом сохраняются во всех моделях.

                  

          Рис. 3. Модель 6.                                                                 Рис. 4. Модель 10.

В статье, в которой описывается полученная структура, по поводу данных остатков ничего не написано.

Биологические единицы

На сайте PDB выбрала структуру лактатдегидрогеназы 4L4R, у которой асимметрическая единица включает две цепи, а биологическая единица – четыре цепи. Скачала биологическую единицу, две копии ассиметрической единицы выделены цветом на рис. 5.

          Рис. 5. Биологическая единица 4L4R. Асимметрические единицы показаны разными цветами.

Видно, что димеры из асимметрических единиц тесно взаимодействуют друг с другом, формируя множество связей, в том числе водородных. Пример связи между остатками из разных копий приведен на рис. 6.

          Рис. 6. Пример водородных связей. Асимметрические единицы показаны разными цветами.

При этом связи между субъединицами разных асимметрических ячеек не различаются - молекулы в ячейках симметричны.