Белок: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme [Hungateiclostridium thermocellum AD2]
Идентификатор белка: ALX09866.1
Последовательность белка в FASTA-формате:
>ALX09866.1 1,4-alpha-glucan-branching enzyme [Hungateiclostridium thermocellum AD2]
MNTTANIDEVYKVINAEHHDPFSVLGMHRLESENAMVVRAYLPNAKEIEVVELSKNNTYPMEKIDERGFF
EVVIKDRNDFFKYNLRATDYVGNTFTFYDPYCFMPVISDYDLYLFNEGNHHKIYEKLGTHRMTIDGVEGT
LFAVWAPCAKRVSVVGNFNQWDGRRHQMRVRGSSGVWELFIPGVGEGELYKYEIKTPHNEIYIKADPYAF
YSELRPNTASIVYDIEGYEWHDADWMRERDSSNSFDKPISIYEVHLGSWKRVSNDENGFYSYRELADMLV
EYVKYMGYTHIELLPIAEHPFDGSWGYQVTGYYAATSRYGQPKDFMYFVDKCHQNGIGVIIDWVPAHFPK
DGHGLARFDGTALYEHYDPKQGEHPDWGTHIFNYGRNEVKNFLIANAMFWFDKYHIDGLRVDAVASMLYL
DYGKKDGEWIPNRWGGKENVDAIEFMRQLNSTVFQYFPGVMMIAEESTAWALVTKPPYTGGLGFSYKWNM
GWMNDFLRYMSMDSVYRKYHQNLITFSLMYAFSENFILVLSHDEVVHGKCSMINKMPGDYWQKFAGLRAS
YGYLYGHPGKKLLFMGGEFAQFIEWNYKQSLDWFLLDYDMHKKMQDYVRDLNKLYRSEKALYEVDFHYDG
FEWIDCNDTEHSIISFMRKGKDWHNSLIFVCNFTPVPHEDYRIGSPFNTTYDEIFNSDWEKYGGSNVGNF
EPIKAEEISMHNKPYSMRLRIPPLATIVLKPRFDRKD
COG: Carbohydrate transport and metabolism (Карбогидратный транспорт и метаболизм)
Функциональная категория: G
COG ID: COG0296
E-value threshold: 0e+00
Interval (с какого по какой остаток вашего белка в нем обнаруживается COG) 103-731 (всего 733 аминокислотных остатков)
Search for COG or Pfam Identifier: COG0296
Параметры: Neighborhood Size: 9; Occurrence Threshold (%): 20; Taxonomy: Да
Neighborhood size – общее число генов, которые будут показаны, включая целевой ген (поровну слева и справа от целевого гена).
Occurence threshold – если ген, продукт которого относится к какому-то КОГу, встречается в большем % случаев на рисунке, то все находки данного КОГа будут покрашены. Например, 1% покрасит очень много стрелочек-генов, а 100%, скорее всего, вообще ни одной.
Taxonomy – по умолчанию (значение "НЕТ") геномные окружения будут отсортированы в соответствии с множественным выравниванием целевого КОГа (т.е. условно - по филогенетическому дереву данного КОГа). Значение "ДА" меняет сортировку на сортировку по таксономическому дереву организмов.
Download PDF – сохраняет рисунок в формате pdf. Проверьте, что браузер не блокирует всплывающие окна.
from IPython.display import Image
Image(filename='cognat.png')