Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Используя blastp, установленный на kodomo, были найдены гомологи белка CLPX_ECOLI с порогом e-value 0.001. Полученные последовательности были выровнены с помощью muscle. В MEGA7 было построено дерево методом Maximum Likelihood.

from IPython.display import Image
Image(filename='ph1.jpg')

Два гомологичных белка будем называть ортологами, если они: а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования. Ортологи: ClpX* и HslU* (на месте * любое продолжения, т. к. цифры были проставлены вручную для удобство восприятия разли). Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами. Кластеризация белков по группам соотвествует разделению путей эволюции белков в результате видообразования. Белки одного организма из этих групп являются паралогами: ClpX_partial, HslU2 и ClpX7 из Agrobacterium fabrum.