Apolipoprotein N-acyl transferase (5n6h)
from IPython.display import Image
Image(filename='5n6h.png')
Толщина гидрофобной части белка в мембране | Координаты трансмембранных спиралей | Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка | Положение |
---|---|---|---|
29.8 ± 1.4 Å | A - Tilt: 7 - TM segments: 1( 10- 28), 2( 34- 48), 3( 53- 76), 4( 87- 116), 5( 121- 141), 6( 169- 188), 7( 192- 209), 8( 489- 506) | 19,625 | Трансмембранный |
Capsule assembly protein Wzi (2ynk)
Image(filename='2ynk.png')
Толщина гидрофобной части белка в мембране | Координаты трансмембранных спиралей | Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка | Положение |
---|---|---|---|
23.8 ± 1.3 Å | A - Tilt: 6 - TM segments: 1( 92- 99), 2( 118- 127), 3( 130- 138), 4( 151- 161), 5( 164- 172), 6( 195- 203), 7( 216- 222), 8( 238- 244), 9( 251- 256),10( 293- 297),11( 308- 315),12( 329- 337),13( 343- 351),14( 390- 397),15( 404- 410),16( 433- 442),17( 446- 454),18( 466- 475) | 7,389 | Трансмембранный бета-бочонок |
Последовательность 5N6H в FASTA-формате:
>5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAFASLIERQRIRLLLALLFGACGTLAFSPYDVWPAAIISLMGLQALTFNRRPLQSAAIG
FCWGFGLFGSGINWVYVSIATFGGMPGPVNIFLVVLLAAYLSLYTGLFAGVLSRLWPKTTWLRVAIAAPALWQVTEFLRG
WVLTGFPWLQFGYSQIDGPLKGLAPIMGVEAINFLLMMVSGLLALALVKRNWRPLVVAVVLFALPFPLRYIQWFTPQPEK
TIQVSMVQGDIPQSLKWDEGQLLNTLKIYYNATAPLMGKSSLIIWPESAITDLEINQQPFLKALDGELRDKGSSLVTGIV
DARLNKQNRYDTYNTIITLGKGAPYSYESADRYNKNHLVPFGEFVPLESILRPLAPFFDLPMSSFSRGPYIQPPLSANGI
ELTAAICYEIILGEQVRDNFRPDTDYLLTISNDAWFGKSIGPWQHFQMARMRALELARPLLRSTNNGITAVIGPQGEIQA
MIPQFTREVLTTNVTPTTGLTPYARTGNWPLWVLTALFGFAAVLMSLRQRRK
>5N6H:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAFASLIERQRIRLLLALLFGACGTLAFSPYDVWPAAIISLMGLQALTFNRRPLQSAAIG
FCWGFGLFGSGINWVYVSIATFGGMPGPVNIFLVVLLAAYLSLYTGLFAGVLSRLWPKTTWLRVAIAAPALWQVTEFLRG
WVLTGFPWLQFGYSQIDGPLKGLAPIMGVEAINFLLMMVSGLLALALVKRNWRPLVVAVVLFALPFPLRYIQWFTPQPEK
TIQVSMVQGDIPQSLKWDEGQLLNTLKIYYNATAPLMGKSSLIIWPESAITDLEINQQPFLKALDGELRDKGSSLVTGIV
DARLNKQNRYDTYNTIITLGKGAPYSYESADRYNKNHLVPFGEFVPLESILRPLAPFFDLPMSSFSRGPYIQPPLSANGI
ELTAAICYEIILGEQVRDNFRPDTDYLLTISNDAWFGKSIGPWQHFQMARMRALELARPLLRSTNNGITAVIGPQGEIQA
MIPQFTREVLTTNVTPTTGLTPYARTGNWPLWVLTALFGFAAVLMSLRQRRK
# 5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Length: 532
# 5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Number of predicted TMHs: 6
# 5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number of AAs in TMHs: 145.92037
# 5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number, first 60 AAs: 22.24454
# 5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Total prob of N-in: 0.72124
# 5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE POSSIBLE N-term signal sequence
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 1 31
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 32 54
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 55 73
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 74 96
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 97 108
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 109 131
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 132 185
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 186 208
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 209 214
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 215 233
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 234 508
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 509 527
5N6H:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 528 532
Image(filename='tmhmm.png')
ID 5N6H:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
FT TOPO_DOM 1 31 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 32 48
FT TOPO_DOM 49 53 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 54 70
FT TOPO_DOM 71 76 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 77 99
FT TOPO_DOM 100 110 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 111 132
FT TOPO_DOM 133 143 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 144 162
FT TOPO_DOM 163 181 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 182 208
FT TOPO_DOM 209 214 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 215 234
FT TOPO_DOM 235 508 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 509 527
FT TOPO_DOM 528 532 CYTOPLASMIC.
//
Image(filename='pho.png')
Поскольку в белке две цепи каждый из сервисов предоставляет по два графика. Однако они были полностью идентичны, т. к. цепи были тоже идентичны, поэтому выше предсктавлены только графики для одной цепи.
TMHMM:
Phobius:
В целом, предсказания TMHMM и Phobius похожи, но довольно сильно отличаются от реальной структурной информацией из БД OPM: есть существенные сдвиги по аминокислотным остаткам и некоторые спирали полностью не замечены.
Ни того, ни другого белка не было найдено в базе данных TCDB