| Пара аминокислот
|
nαβ
|
pαβ
|
qα
|
qβ
|
sαβ
|
| Trp–Trp
|
106
|
1,7511
|
0,0046
|
0,0046
|
0
|
| Trp– Arg
|
1
|
1,6522
|
0,0046
|
0,0003
|
-9
|
| Trp– Tyr
|
20
|
3,3040
|
0,0046
|
0,0239
|
-12
|
|
В данной таблице nαβ представляет собой число совпадений данной пары аминокислот в выборке блоков белков, родственных с IDH_ECOLI. Pαβ есть отношение этого числа к общему количеству всевозможных пар аминокислот. Величины qα и qβ представляют собой частоты встречаемости, соответственно, первой и второй аминокислот в парах. Последний столбец представляет собой вес указанной аминокислотной замены.
|
Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS
| Пара аминокислот
|
nαβ
|
pαβ
|
qα
|
qβ
|
sαβ
|
| Trp–Trp
|
839813
|
0,0037
|
0,0107
|
0,0107
|
10
|
| Trp– Arg
|
175319
|
0,0008
|
0,0107
|
0,0607
|
-2
|
| Trp–Tyr
|
409562
|
0,0017
|
0,0107
|
0,0380
|
2
|
|
В приведенной таблице nαβ представляет собой число совпадений данной пары аминокислот в выборке 200 блоков белков из базы данных BLOCKS. Pαβ есть отношение этого числа к общему количеству всевозможных пар аминокислот. Величины qα и qβ представляют собой частоты встречаемости, соответственно, первой и второй аминокислот в парах. Наконец, последний столбец представляет собой вес указанной аминокислотной замены.
|
Сравнение весов аминокислотных замен
| Пара аминокислот
|
Блок IPB001804E
|
200 блоков
|
BLOSUM62
|
| Trp–Trp
|
0
|
10
|
11
|
| Trp–Arg
|
-9
|
-2
|
-3
|
| Trp–Tyr
|
-12
|
2
|
2
|
|
Результаты вычислений весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS схожи с данными матрицы BLOSUM62. Незначительные различия наблюдаются ввиду того, что матрица весов аминокислотных замен Blosum62 рассчитана на основе большего числа блоков, чем матрица 200 блоков. Это влияет на точность, так как большее количество исходных данных уменьшает погрешность.
|
Все приведенные значения подтверждают следующие утверждения:
- Значение замены Trp–Trp в блоке IPB001804E нулевое. Это объясняется тем, что встречаемось этого аминокислотного остатка очень низкая.
- По данным 200 блоков и BLOSUM62 вес замены Trp–Tyr выше замены Trp–Arg. Это обуславливается тем, что замена гидрофобного аминокислотного остатка на гидрофильный маловероятно.
- В блоке же IPB001804E вес замены Trp–Arg выше замены Trp–Tyr. Это объясняется тем, что частота встречаемости тирозина в блоке IPB001804E в 80 раз выше встречаемости аргинина.
- Веса аминокислотных замен на основе множественных выравниваний блока IPB001804E различны с сответствующими весами BLOSUM62 и 200 блоков, что объясняется специфичностью белковых последовательностей, которые входят в состав блока IPB001804E.
На главную страницу второго семестра
©
Волкова Екатерина,2005
|
